结论：政府与企业一般不能随意以协议约定企业的自主经营权受政府限制，但在符合特定条件的情况下，这种约定可能具有法律效力。以下从不同角度进行分析：
一、从法律原则角度
企业的自主经营权是市场经济条件下企业作为独立市场主体所享有的基本权利，受到法律的保护。政府作为市场监管者和公共服务提供者，应当遵循市场规律，尊重企业的自主经营权，不得随意干涉。如果政府与企业通过协议约定限制企业的自主经营权，这在一定程度上违背了市场经济的自由竞争原则，可能会对企业的正常经营和发展造成不利影响。
二、从协议效力角度
- 合法有效的协议：如果政府与企业之间的协议是在平等、自愿、公平、诚实信用的基础上签订的，且协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该协议是合法有效的。但是，即使协议有效，对于其中限制企业自主经营权的条款，也需要根据具体情况来判断其合理性。如果这种限制是出于公共利益的需要，如环境保护、安全生产等，且限制的程度在合理范围内，那么该条款可能被认定为有效。例如，政府为了保护当地生态环境，与企业约定企业在经营过程中必须采取特定的环保措施，这种限制是合理的，协议条款有效。
- 无效的协议：如果协议存在欺诈、胁迫、恶意串通等情形，或者协议内容违反法律、行政法规的强制性规定，损害社会公共利益，那么该协议是无效的。在这种情况下，协议中限制企业自主经营权的条款自然也无效。比如，政府利用其行政权力强迫企业签订限制其自主经营权的协议，这种协议因存在胁迫情形而无效。
三、从政府行为角度
政府的行为应当受到法律的严格约束，遵循依法行政的原则。政府不得滥用行政权力，通过与企业签订协议的方式，不合理地限制企业的自主经营权。如果政府的行为违反了法律规定，企业可以通过行政复议或行政诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。例如，企业认为政府与其签订的协议中限制自主经营权的条款违法，可以向上一级政府申请行政复议，或者向法院提起行政诉讼。
四、实际操作中的建议
- 政府方面：政府在与企业签订协议时，应当充分尊重企业的自主经营权，避免不合理地限制企业的经营活动。如果确实需要对企业进行一定的限制，应当确保这种限制是基于公共利益的需要，并且在法律允许的范围内进行。同时，政府应当加强对协议的审查和管理，确保协议的合法性和合理性。
- 企业方面：企业在与政府签订协议时，应当仔细审查协议条款，特别是关于自主经营权限制的条款。如果发现协议条款存在不合理或违法的情况，企业应当及时与政府进行沟通协商，要求修改或删除相关条款。如果协商无果，企业可以寻求法律帮助，通过法律途径来维护自己的合法权益。
最后，政府与企业之间的协议约定应当遵循法律规定和市场规律，尊重企业的自主经营权。如果遇到相关法律问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见。