结论：施工方与政府签订危房改造合同后，向房主索取超建费用是否合理，需根据具体情况判断，包括合同约定、超建原因、是否经过审批及房主意愿等因素。以下从不同角度进行分析：
合同约定角度：
- 若合同中有明确约定：如果施工方与政府签订的危房改造合同中，明确规定了超建部分的费用承担方式，比如由房主承担或按一定比例分担，那么施工方按照合同约定向房主索取超建费用是合理的。
- 若合同中无明确约定：如果合同中没有对超建部分的费用承担进行明确约定，那么施工方单方面向房主索取超建费用可能缺乏合同依据，此时需要进一步考虑其他因素。
超建原因及审批角度：
- 因设计变更或政府要求超建：如果超建是由于设计变更、政府规划调整或其他非施工方原因导致的，且超建部分已经得到了相关部门的审批和认可，那么施工方与房主可以协商超建费用的承担方式。如果房主同意承担部分或全部费用，那么施工方索取超建费用是合理的。
- 施工方擅自超建：如果施工方未经房主同意或未经相关部门审批，擅自进行超建，那么这种超建行为可能构成违约或违法，施工方无权向房主索取超建费用。
房主意愿角度：
- 房主同意超建并愿意承担费用：如果房主在明知超建的情况下，同意施工方进行超建，并愿意承担超建部分的费用，那么施工方索取超建费用是合理的。
- 房主不同意超建或不知情：如果房主不同意超建或根本不知情超建情况，那么施工方擅自超建并索取费用可能侵犯了房主的合法权益，房主有权拒绝支付超建费用。
法律建议：
- 对于施工方而言，在签订危房改造合同时，应明确约定超建部分的费用承担方式，以避免后续纠纷。如果确实需要超建，应提前与房主沟通并取得其同意，同时确保超建部分得到相关部门的审批和认可。
- 对于房主而言，在签订合同时应仔细阅读合同条款，特别是关于超建部分的约定。如果发现施工方擅自超建或索取不合理费用，应及时与施工方沟通协商，必要时可以寻求法律援助或向相关部门投诉。
可能法律后果：
- 如果施工方擅自超建并索取费用，可能面临房主拒绝支付、合同违约责任以及可能的行政处罚等法律后果。
- 如果房主拒绝支付合理的超建费用，施工方可能通过法律途径追讨费用，并可能要求房主承担违约责任。
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