核心结论：还款时对方借条找不到，可通过要求对方出具收条、保留还款凭证、协商补充协议或通过法律途径解决等方式来保障自身权益，避免后续纠纷。以下是具体情况说明：

1. 要求对方出具收条
   • 当对方表示借条找不到时，最直接有效的方式是要求对方当场出具收条。收条应明确写明收到还款的具体金额、还款方式（如现金、转账等）、还款时间，并且要由对方签字确认，最好还能按上手印。这样收条就成为了证明你已经履行还款义务的重要证据，在后续可能出现的纠纷中，能有力地支持你的主张。例如，若之后对方又以借条为依据主张你未还款，你出示的收条就可以反驳其诉求，证明还款事实的存在。
2. 保留还款凭证
   • 现金还款：如果是现金还款，除了上述提到的收条外，还可以寻找在场证人。证人最好是与双方无利害关系的第三方，其证言可以在必要时作为辅助证据，证明还款的过程和事实。同时，尽量在有监控的地方进行现金交接，以便后续可以通过调取监控录像来证实还款情况。
   • 转账还款：若通过银行转账、微信转账、支付宝转账等方式还款，要妥善保存转账记录。银行转账记录可以通过银行柜台或网上银行打印出来，上面会详细显示转账的时间、金额、对方账户信息等；微信和支付宝转账也有相应的账单记录，可以截图保存，并且这些电子数据最好进行公证，以增强其证据效力。因为转账记录能够清晰地证明资金从你的账户流向了对方账户，是还款的有力证据之一。
3. 协商补充协议
   • 可以与对方协商签订一份补充协议，在协议中明确说明由于原借条丢失，双方确认你已经按照借条约定履行了还款义务，原借条作废不再具有法律效力。补充协议需要双方签字盖章，这样它就具有了法律效力，能够从合同层面保障你的权益，避免对方事后反悔。例如，补充协议可以约定“双方确认，因[借条编号]借条遗失，借款人[你的姓名]已于[还款日期]向出借人[对方姓名]还清借款本金[具体金额]及利息[如有]，该借条自本协议签订之日起作废，双方不再就该借款事项存在任何纠纷”。
4. 通过法律途径解决（预防性）
   • 如果担心对方日后可能不认账，在完成上述步骤后，还可以考虑向法院提起确认之诉。即向法院请求确认你已经履行了还款义务，原借条所涉及的债权债务关系已经消灭。虽然这需要花费一定的时间和精力，但从长远来看，可以彻底消除潜在的法律风险，获得法院的生效判决作为最有力的证据。不过，一般情况下，在采取了前面几种措施后，发生纠纷的可能性较小，提起确认之诉更多是作为一种预防性的法律手段。

在处理此类情况时，要尽可能地收集和保留各种证据，以确保自己的合法权益不受侵害。如果你在操作过程中遇到任何疑问或需要进一步的法律指导，可以直接向我咨询。