关于您提出的“绩效考核制度是否合法”的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要结合具体情况和相关法律法规来综合判断。以下是我为您提供的详细解答：

首先，绩效考核制度本身并不违法，它是企业管理员工、提升工作效率和激励员工的一种常用手段。然而，关键在于绩效考核制度的制定和执行是否符合法律法规的规定，以及是否合理、公正。

一、绩效考核制度需符合法律法规

1. 规章制度合法性：绩效考核制度作为企业规章制度的一部分，必须符合《劳动合同法》等相关法律法规的规定。例如，不能设定违反法律强制性规定的考核标准或惩罚措施。

2. 程序合法性：在制定绩效考核制度时，企业应遵循民主程序，如与职工代表大会或全体职工讨论、协商，并确保制度内容得到员工的知晓和认可。此外，制度制定后还需向劳动者公示或告知。

二、绩效考核结果的应用需合法合理

1. 不能直接辞退：根据《劳动合同法》的规定，劳动者不能胜任工作，并不能直接成为用人单位解除劳动合同的理由。即使劳动者绩效考核不达标，也不能直接认定其不能胜任工作，更不能以此为由直接辞退员工。用人单位应当先安排劳动者进行培训或调整工作岗位，如仍不能胜任工作的，才能依法解除劳动合同，并支付相应的经济补偿。

2. 证据充分性：如果用人单位以绩效考核不达标为由解除劳动合同，必须提供充分的证据证明劳动者确实不能胜任工作，且已经履行了培训或调岗的义务。否则，可能构成违法解除劳动合同，需要承担相应的法律责任。

三、实际案例分析

以您提供的案例为例，王先生因连续两个月绩效考核分数未达到60分而被公司辞退。然而，法院在审理此案时认为，王先生绩效考核不达标并不属于严重违反单位的规章制度，也不属于《劳动合同法》第三十九条规定的用人单位可以单方解除劳动合同的其他情形。此外，公司也未提供充分证据证明王先生不能胜任工作，且未履行培训或调岗的义务。因此，法院认定公司解除劳动合同的行为违法，并判决公司支付违法解除劳动合同赔偿金。

四、建议

1. 企业应合法制定制度：企业在制定绩效考核制度时，应确保制度内容合法、合理、公正，并遵循民主程序进行制定和公示。

2. 合理应用考核结果：在应用绩效考核结果时，企业应谨慎处理，不能直接以考核不达标为由辞退员工。如确实需要解除劳动合同，应确保有充分证据证明员工不能胜任工作，并已经履行了培训或调岗的义务。

3. 员工应了解自身权益：作为员工，也应了解自身的合法权益，如绩效考核制度的合法性、解除劳动合同的条件等。在遇到问题时，可以寻求法律援助或咨询专业律师。

综上所述，绩效考核制度本身并不违法，但关键在于其制定和执行是否符合法律法规的规定以及是否合理、公正。企业在应用绩效考核结果时，应谨慎处理，确保合法合规。