公司起诉公司时，受理费是否会退还，这主要取决于诉讼的具体情况和法院的最终裁定，不能一概而论。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、受理费退还的一般原则
在民事诉讼中，受理费的退还通常遵循一定的原则。一般来说，如果原告在起诉后撤诉，或者法院裁定不予受理、驳回起诉，那么原告已经预交的受理费可能会根据具体情况部分或全部退还。这是因为，在这些情况下，诉讼程序并未完全展开，或者原告并未实际行使诉讼权利，因此没有理由继续保留其预交的受理费。
二、公司起诉公司时的特殊情况
当公司作为原告起诉另一家公司时，受理费的退还问题同样受到上述原则的约束。但具体是否退还，还需考虑以下因素：
撤诉情况：如果原告公司在起诉后决定撤诉，并且法院裁定准许撤诉，那么原告公司已经预交的受理费通常会根据法院的规定部分或全部退还。
法院裁定：如果法院在审理过程中裁定不予受理或者驳回起诉，那么原告公司预交的受理费也可能会退还。但需要注意的是，如果法院驳回起诉是因为原告公司的诉讼请求缺乏事实或法律依据，或者原告公司未按时缴纳诉讼费用等自身原因导致的，那么受理费可能不会退还。
诉讼结果：如果诉讼程序正常进行，并且法院作出了判决，那么受理费通常不会退还。因为此时诉讼程序已经完全展开，原告公司已经实际行使了诉讼权利，无论判决结果如何，受理费都作为诉讼成本的一部分被消耗掉了。
三、实际操作中的注意事项
及时沟通：在诉讼过程中，如果原告公司认为有可能撤诉或者法院可能裁定不予受理、驳回起诉，应及时与法院沟通，了解受理费退还的具体政策和流程。
保留证据：原告公司应妥善保留与受理费支付相关的证据，如缴费凭证、法院收据等，以便在需要退还受理费时提供证明。
遵循法院规定：不同地区的法院可能对受理费的退还有不同的规定和流程，原告公司应遵循当地法院的具体要求进行操作。
总结与建议：公司起诉公司时，受理费是否会退还取决于诉讼的具体情况和法院的裁定。如果原告公司考虑撤诉或者认为法院可能裁定不予受理、驳回起诉，应及时与法院沟通并了解相关政策。同时，保留好相关证据并遵循法院的规定是确保受理费能够顺利退还的关键。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。