结论：在原房地产公司账户被冻结，但由物业公司代发相关款项的情况下，法院的判决会依据具体案情、相关证据以及法律规定来综合考量，无法直接给出一个确定的判决结果。不过，我可以从几个可能的角度来分析这个问题。
分析角度一：款项性质与代发行为的合法性
款项性质：首先，需要明确被冻结账户中的款项性质。如果这些款项是房地产公司的合法收入，且与物业公司代发的款项无直接关联（例如，物业公司代发的是员工工资或业主的物业费等），那么法院在判决时可能会考虑这一因素，避免对无关款项进行不当处理。
代发行为的合法性：物业公司代发款项的行为是否合法，也是法院判决时需要考虑的重要因素。如果物业公司代发行为是基于合法的授权或合同约定，且代发过程符合相关法律法规的规定，那么这一行为可能会得到法院的认可。
分析角度二：债权债务关系与执行程序
债权债务关系：如果房地产公司存在未履行的债务，且债权人已经通过法律途径申请了强制执行，那么法院在执行过程中可能会冻结房地产公司的账户。此时，物业公司代发的款项如果属于房地产公司的财产，且未被特定化或排除在执行范围之外，那么这些款项可能会被纳入执行范围。
执行程序：在执行过程中，如果物业公司提出异议，认为代发的款项不属于房地产公司的财产或不应被执行，那么法院会进行审查。如果物业公司的异议成立，法院可能会裁定中止对该部分款项的执行。
分析角度三：具体案情与证据
具体案情：每个案件都有其独特的案情和背景，法院在判决时会综合考虑各种因素，包括房地产公司的经营状况、物业公司的代发行为、债权债务关系等。
证据：在诉讼过程中，证据的提交和质证对于法院的判决至关重要。如果房地产公司或物业公司能够提供充分的证据来证明其主张，那么法院在判决时可能会更倾向于支持其观点。
法律建议：
收集证据：如果房地产公司或物业公司面临此类问题，建议尽快收集相关证据，包括合同、授权书、代发记录等，以证明代发行为的合法性和款项的性质。
咨询专业律师：由于每个案件的具体情况不同，且涉及复杂的法律关系和执行程序，因此建议房地产公司或物业公司咨询专业律师，以便更好地了解自身权益和应对策略。
积极应对诉讼：如果案件已经进入诉讼程序，建议房地产公司或物业公司积极应对，按照法院的要求提交证据、参加庭审等，以维护自身合法权益。
总之，法院的判决会依据具体案情、相关证据以及法律规定来综合考量。如果你或你的公司面临此类问题，建议直接向我咨询，以便获得更具体、更专业的法律建议。