存在仲裁条款的公司理论上可以注销，但在实际操作中需严格遵循法律规定，妥善处理仲裁事项，以确保不损害相关方的合法权益。以下从多个角度进行详细分析：
一、公司注销的法律规定与前提条件
根据《中华人民共和国市场主体登记管理条例》及相关法律法规，公司注销需满足一系列法定条件，包括但不限于：
- 成立清算组：公司决定注销时，必须成立清算组进行清算，清理公司的全部债权债务。
- 通知债权人：清算组需通知债权人申报债权，确保债权人有足够的时间申报并参与清算过程。
- 制定清算方案：清算组需制定清算方案，并经股东会或股东大会（或人民法院）确认。
- 清偿债务：公司需按照法定顺序清偿债务，确保所有债务得到妥善处理。
若公司存在未结的仲裁案件，则意味着尚有未了结的法律事务和潜在的债务风险。在此情况下，若贸然进行注销，将可能导致仲裁程序无法正常进行，进而损害债权人的合法权益。
二、仲裁条款对公司注销的影响
- 仲裁程序的独立性：仲裁程序是解决争议的一种机制，与公司注销程序相互独立。然而，公司在注销前必须妥善处理仲裁中的争议，否则注销可能会受到阻碍或产生不利的法律后果。
- 仲裁权利义务的承继：公司注销后，其法人资格消灭，原本参加仲裁的主体不复存在。若公司在注销前未妥善处理仲裁事项，可能导致仲裁程序无法正常进行。此时，若仲裁案件涉及公司未清偿的债务，债权人有权要求公司的股东、发起人或出资人在未依法清算的范围内承担清偿责任。
三、不同情况下的处理方式
公司作为被申请人：
- 若公司作为被申请人，有尚未解决的仲裁案件且涉及财产纠纷，需在注销前先行处理这些纠纷，确保不损害其他人的合法权益。
- 公司应积极参与仲裁程序，努力解决争议事项，以确保仲裁结果尽快确定。待仲裁结果明确后，公司应严格履行相应的义务，如支付赔偿款、履行合同等。
公司主动提起仲裁：
- 若公司主动提起仲裁维权或追债，则注销不受此影响，但仍需依法进行清算和注销程序。
- 公司应确保在注销前，仲裁案件已得到妥善处理或已采取必要措施保障仲裁程序的顺利进行。
四、恶意注销的法律后果
如果公司试图通过注销来逃避仲裁责任或裁决结果，这将被视为恶意行为。在这种情况下，公司不仅无法免除其法律责任，还可能面临更严重的法律后果，如被追究刑事责任、被列入失信被执行人名单等。此外，公司的股东可能需对公司未了结的债务承担法律责任。
五、操作建议与风险提示
- 建议：为避免法律风险和纠纷，公司最好在仲裁案件处理完毕后再进行注销。若确实需要在仲裁期间注销，应确保所有仲裁事项已得到妥善处理或已采取必要措施保障仲裁程序的顺利进行。
- 通知与公告：如果公司确实需要在仲裁期间注销，应当及时通知仲裁机构和对方当事人，并按照法律规定进行公告，确保各方知悉并有机会提出异议。
- 合规操作：注销公司时，必须严格按照《公司法》等法律法规的要求进行操作，包括通知债权人、进行公告、成立清算组等步骤，以确保注销程序的合法性和有效性。
综上所述，存在仲裁条款的公司在注销时需谨慎行事，确保遵守相关法律法规，妥善处理仲裁事项，以保护自身和他人的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。