若公司贷款自主支付用途不合规，需立即采取措施纠正并防范法律风险，具体处理方式需结合不合规情形严重程度及贷款合同条款综合判断，以下分情况说明：

一、若用途不合规但未造成实际损失（如资金暂未流入禁止领域）

1. 立即停止违规使用
   根据《流动资金贷款管理暂行办法》第二十七条，贷款人应按合同约定检查、监督贷款使用，借款人需按约定用途使用资金。若发现用途偏差，应第一时间将资金归位至专用账户，避免资金进一步流向不合规领域（如股市、房地产投机等）。

2. 与银行沟通补救

   • 主动说明情况：向贷款银行提交书面说明，解释用途偏差原因（如操作失误、临时资金周转需求等），并附整改方案（如提供新合同、发票等证明资金将用于合规用途）。
     
   • 申请变更支付方式：若原合同约定自主支付，但实际需受托支付（如单笔金额超标准），可与银行协商修改支付条款，降低合规风险。
     
   • 补充担保措施：若银行因用途不合规要求提前收贷或增加担保，可协商提供额外抵押物或保证人，争取缓冲期。

3. 完善内部合规流程

   • 修订贷款资金使用制度：明确资金审批、支付、核验流程，例如要求财务部门在支付前核对合同、发票等材料，确保用途与申请一致。
     
   • 加强员工培训：组织财务、业务部门学习贷款合规要求，避免因操作失误导致用途偏差。

二、若用途不合规已造成实际损失（如资金被挪用至禁止领域）

1. 承担行政责任风险
   根据《银行业监督管理法》第四十六条，银行若发现借款人挪用贷款，可采取责令改正、罚款（20万-50万）等措施；若银行未尽到监管职责，也可能被处罚。此时公司需配合银行整改，避免处罚升级。

2. 面临合同违约责任

   • 银行有权提前收贷：贷款合同通常约定“借款人未按约定用途使用贷款，贷款人有权提前收回全部贷款”。若银行据此要求还款，公司需立即筹措资金，否则可能被起诉并强制执行。
     
   • 支付违约金：合同可能约定挪用贷款的违约金条款（如按贷款利率加收50%罚息），公司需按约支付，否则银行可一并主张。

3. 刑事风险（极端情况）
   若挪用贷款用于非法活动（如诈骗、洗钱），或通过虚假材料骗取贷款，可能触犯《刑法》第一百七十五条之一（骗取贷款罪）或第一百九十三条（贷款诈骗罪），公司及直接责任人可能面临刑事处罚。此时需立即停止违法行为，主动向公安机关说明情况，争取从轻处理。

三、长期合规建议

1. 建立贷款资金专项账户：与银行约定将贷款资金划入专用账户，实行封闭管理，避免与其他资金混同。
   
2. 定期向银行报告用途：按合同约定提交资金使用证明（如购货合同、发票等），配合银行现场检查。
   
3. 咨询专业法律意见：在贷款申请、使用、还款全流程中，由律师审核合同条款、监督资金流向，确保合规性。

提示：贷款用途合规是银行放贷的核心条件，也是公司信用基础。若已出现不合规情形，建议立即委托律师介入，评估风险等级并制定应对方案，避免损失扩大。如有具体合同或操作细节需分析，可直接向我提供材料进一步咨询。