代持股份退赃的处理需结合具体法律关系及案件性质，通常涉及刑事退赃程序、民事代持协议效力及股权处置三个层面，需分情况处理：

一、刑事退赃程序中的处理原则

1. 退赃主体认定
   若代持股份系赃款赃物转化形式（如行贿资金购买、贪污所得投资等），实际出资人（被代持人）为刑事案件犯罪嫌疑人/被告人的，退赃义务主体为实际出资人，名义股东（代持人）仅在明知代持资金来源违法且协助转移时承担连带责任。
   法律依据：《刑法》第六十四条，犯罪分子违法所得的一切财物应当予以追缴或责令退赔；《最高人民法院关于刑事裁判涉财产部分执行的若干规定》第十一条，第三人无偿或以明显不合理低价取得涉案财物的，应依法追缴。

2. 退赃范围界定
   需退还的“赃款”为股权对应的市场价值，而非原始出资额。若股权已增值，退赃金额以案发时股权评估价值为准；若股权已转让，退赃范围包括转让所得及孳息。
   实务要点：需通过审计报告、股权转让协议等证据固定资金流向及股权价值变化轨迹。

二、民事代持协议的效力审查

1. 协议无效情形
   若代持协议目的为掩盖非法目的（如规避监管、洗钱等），根据《民法典》第一百五十四条，协议自始无效，股权应直接收缴国库或返还被害人。
   典型案例：某上市公司大股东通过代持规避信息披露义务，后因内幕交易被查，法院认定代持协议无效，股权拍卖所得上缴国库。

2. 协议有效情形
   若代持行为本身不违法（如为规避限购政策代持），但实际出资人涉及刑事犯罪的，名义股东需配合退赃，但可依据有效代持协议向实际出资人追偿损失。
   风险点：名义股东需证明自身对资金来源违法性不知情，否则可能因“善意取得”抗辩失败承担补充赔偿责任。

三、股权处置的实务操作

1. 刑事程序中的强制处置
   公安机关可依据《刑事诉讼法》第一百四十四条，对涉案股权采取查封、扣押、冻结措施；法院判决后，执行部门可委托拍卖机构变现股权，所得款项按退赔比例分配给被害人。
   程序要求：需制作《涉案财物清单》，并通知利害关系人申报权利。

2. 民事执行中的协同处置
   若刑事退赃与民事执行产生竞合（如名义股东债权人申请执行代持股权），根据《九民纪要》第119条，刑事退赃优先于民事执行，但需保留名义股东必要生活费用。
   操作建议：名义股东应主动向执行法院提交代持协议及刑事案件材料，申请中止执行。

四、风险防范建议

1. 对实际出资人：

   • 避免使用违法资金代持股权，否则可能面临股权被收缴、刑事处罚双重风险；
     
   • 若已涉案，应主动退赃以争取从宽处理，并保留股权价值评估报告等证据。

2. 对名义股东：

   • 签订代持协议时要求实际出资人出具《资金来源合法承诺书》；
     
   • 发现资金来源异常时，立即解除代持关系并通过书面通知固定证据；
     
   • 涉案后积极配合调查，避免被认定为共同犯罪。

如需进一步分析具体案件中的退赃金额计算、协议效力认定或执行程序对抗问题，可直接提供案件细节，我将结合司法实践出具专项法律意见。