要使招投标两份合同的对账协议有效，需确保协议内容合法、双方意思表示真实且程序合规，具体需注意以下几点：

1. 协议主体适格：

   • 确保签订对账协议的双方是招投标合同中的合法主体，即具有签订合同的民事权利能力和行为能力。
   • 若涉及法人或其他组织，需确认其法定代表人或授权代表有权签署该协议。

2. 协议内容明确：

   • 对账范围：清晰界定对账所涵盖的合同范围，包括但不限于合同编号、名称、签订日期等。
   • 对账项目：详细列出对账的具体项目，如合同金额、已付款项、未付款项、变更或补充条款等。
   • 对账结果：明确双方确认的对账结果，包括但不限于总金额、差额、支付方式、支付期限等。
   • 争议解决：约定对账过程中或对账结果产生争议时的解决方式，如协商、调解、仲裁或诉讼等。

3. 意思表示真实：

   • 双方签订对账协议时，应确保意思表示真实，不存在欺诈、胁迫或重大误解等情形。
   • 协议内容应反映双方的真实意愿，不得有虚假陈述或隐瞒重要事实。

4. 程序合规：

   • 签署程序：按照公司章程或内部规定，完成必要的审批或签署程序。
   • 见证或公证：根据需要，可邀请第三方见证或对协议进行公证，以增强协议的证明力。
   • 备案或登记：若法律法规要求，应及时将对账协议进行备案或登记。

5. 合法合规性审查：

   • 在签订对账协议前，应对协议内容进行合法合规性审查，确保不违反法律法规的强制性规定。
   • 特别注意招投标法、合同法等相关法律法规的规定，避免协议内容违法或无效。

6. 后续履行与监督：

   • 双方应按照对账协议的约定履行各自义务，确保协议得到有效执行。
   • 可约定定期对账或监督机制，以确保合同履行的透明度和准确性。

示例条款（可根据实际情况调整）：

“甲乙双方就招投标合同（合同编号：XXX）及（合同编号：YYY）进行对账，确认如下：

1. 对账范围：本协议对账范围包括上述两份合同及其所有补充协议。
2. 对账项目：
   • 合同总金额：XXX元（合同一）+ YYY元（合同二）= ZZZ元。
   • 已付款项：AAA元（合同一）+ BBB元（合同二）= CCC元。
   • 未付款项：ZZZ元 - CCC元 = DDD元。
3. 对账结果：双方确认未付款项为DDD元，甲方应于XXXX年XX月XX日前支付至乙方指定账户。
4. 争议解决：如对本协议内容或执行产生争议，双方应首先协商解决；协商不成的，提交甲方所在地人民法院诉讼解决。

本协议自双方签字（或盖章）之日起生效，一式两份，甲乙双方各执一份。”

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。