结论：交警后续对三轮车进行扣分和加倍罚款是否合理，需结合具体情形判断，可能存在合理与不合理两种情况。以下分情况详细说明：
1. 若存在新发现的违法行为或原处罚存在程序瑕疵，后续处罚可能合理
- 新违法行为：若交警首次放行后，通过调取监控、进一步核查车辆信息（如三轮车属于机动车但未悬挂号牌、驾驶人未取得驾驶证等），发现存在首次检查时未被发现的违法行为，可依据《道路交通安全法》及相关法规补充处罚。例如，首次检查时仅发现未佩戴头盔，后续发现车辆无牌照，可对无牌照行为另行处罚。
- 程序瑕疵补正：若首次处罚因证据不足、程序轻微违法（如未当场出具处罚决定书）被撤销或要求重新处理，交警在补全证据、完善程序后重新处罚，属于合法行为。但需注意，“加倍罚款”需有明确法律依据，如《行政处罚法》规定“当事人逾期不履行行政处罚决定的，作出行政处罚决定的行政机关可以采取每日按罚款数额的百分之三加处罚款”，但需以原处罚决定合法为前提。
2. 若交警存在“一事再罚”或证据不足，后续处罚可能违法
- “一事再罚”禁止：根据《行政处罚法》第二十九条，对当事人的同一个违法行为，不得给予两次以上罚款的行政处罚。若交警首次已对某一违法行为（如闯红灯）作出处罚，后续又以同一事实和理由再次处罚，属于违法行为，可申请行政复议或提起行政诉讼撤销。
- 证据不足：若交警后续处罚缺乏新证据支持，仅以“首次放行是疏忽”为由加重处罚，可能违反“以事实为依据”原则。例如，首次检查时已确认车辆合法、驾驶人证件齐全，后续无新证据却以“车辆改装”为由处罚，属于违法。
3. “加倍罚款”的合法性需严格审查
- 法定情形：加倍罚款通常适用于当事人逾期不履行处罚决定的情况（如未在15日内缴纳罚款），此时行政机关可依法加处罚款。但若交警直接以“情节严重”为由加倍处罚，需有地方性法规或规章的明确授权，否则可能构成滥用职权。
- 程序要求：即使存在加倍罚款的法定情形，交警也需履行告知义务（如书面通知当事人加处罚款的理由、金额和缴纳期限），否则可能因程序违法被撤销。
建议行动步骤
- 核实处罚依据：要求交警出具书面处罚决定书，明确处罚事由、法律依据和罚款金额计算方式。
- 对比首次处罚：检查两次处罚是否针对同一违法行为，或是否存在新发现的违法事实。
- 申请复议或诉讼：若认为处罚违法，可在收到处罚决定书之日起60日内申请行政复议，或6个月内直接向法院提起行政诉讼。
如有进一步疑问（如处罚决定书内容、具体违法行为等），可直接向我咨询，我会结合细节为您分析。