结论前置：未取得施工许可证擅自施工的，将由县级以上人民政府建设行政主管部门或其他有关部门进行处罚。

详细分析：

1. 处罚主体：

   • 根据《中华人民共和国建筑法》及相关法规，未取得施工许可证擅自施工的处罚主体为县级以上人民政府建设行政主管部门或其他有关部门。这些部门负责监管建筑市场，确保所有施工活动均符合法律法规要求。

2. 处罚措施：

   • 责令停止施工：对于未取得施工许可证擅自施工的行为，主管部门将首先责令施工单位立即停止施工，以防止违法行为继续扩大。
   • 限期改正：要求施工单位在规定期限内补办施工许可证或其他必要的审批手续，合法化施工行为。
   • 罚款：根据违法行为的严重程度和造成的后果，主管部门将对建设单位和施工单位处以罚款。具体罚款数额依据《建筑工程施工许可管理办法》第十二条，对建设单位处工程合同价款1%以上2%以下罚款；对施工单位处3万元以下罚款。若情节严重（如存在重大安全隐患、造成恶劣社会影响等），罚款额度可能更高。

3. 特殊情况考虑：

   • 如果因发证机关及其工作人员的原因导致建设单位未能及时取得施工许可证而施工，根据《建筑工程施工许可管理办法》第十条，建设单位和施工单位将不会受到上述罚款处罚。但这并不意味着可以随意施工，建设单位仍需尽快补办相关手续。

4. 法律后果与建议：

   • 未取得施工许可证擅自施工不仅可能面临上述行政处罚，还可能因施工活动不合法而引发一系列法律纠纷，如合同无效、工程质量问题等。因此，建议所有建设单位和施工企业在施工前务必确保已取得合法的施工许可证，并严格按照法律法规要求进行施工活动。
   • 若已面临处罚或潜在的法律风险，建议及时咨询专业律师，了解具体法律后果和应对策略，以最大程度地保护自身合法权益。

实际操作建议：

• 在施工前，务必向当地建设行政主管部门咨询并了解施工许可证的申请流程和所需材料，确保所有手续齐全后再开始施工。
• 若因特殊原因无法及时取得施工许可证，应与主管部门沟通并说明情况，寻求合法合规的解决方案，避免擅自施工带来的法律风险。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。