结论概述
公司实际经营人（通常指实际控制人）与公司（通常由法定代表人代表）在承担责任方面存在显著区别。公司作为独立法人，以其全部财产对债务承担责任；而实际经营人虽不直接担任公司职务，但因其实际控制权，在特定情况下也需对公司及债权人承担相应责任。
公司（法定代表人）的责任
- 一般情况：
公司作为独立法人主体，以其全部财产对债务承担责任。法定代表人代表公司行使职权，其正常职务行为的法律后果由公司承担。例如，公司签订的合同，若法定代表人是在其职权范围内签订的，则合同责任由公司承担。
- 特殊情况需承担责任：
- 过错行为：若法定代表人在执行职务时违反法律法规或公司章程，给公司造成损失，需承担赔偿责任。如法定代表人未经公司同意，擅自以公司名义对外借款，导致公司承担债务的，法定代表人需承担赔偿责任。
- 滥用法人地位：滥用公司法人独立地位和股东有限责任逃避债务，严重损害债权人利益的，法定代表人需对公司债务承担连带责任。例如，法定代表人通过转移公司资产、虚构债务等方式，使公司丧失偿债能力，以逃避债务的，法定代表人需对公司债务承担连带责任。
- 违法行为：如法定代表人参与公司违法犯罪活动，除公司可能受罚外，个人也可能承担相应法律责任。如公司涉嫌偷税漏税，法定代表人作为直接负责的主管人员，可能面临刑事处罚。
- 民事责任与刑事责任：
在某些情况下，如虚构出资、抽逃出资或隐匿、转移资产，法定代表人需承担民事赔偿责任。若公司行为构成犯罪，法定代表人作为直接负责的主管人员，可能承担刑事责任。
公司实际经营人（实际控制人）的责任
- 定义与一般情况：
实际控制人通过投资关系、协议或其他安排实际支配公司，但不直接担任公司职务。正常情况下，公司债务由公司自身承担。例如，实际控制人通过控股或协议安排，控制公司的经营决策，但不直接担任公司董事、监事或高级管理人员。
- 特殊情况需承担责任：
- 对公司的赔偿责任：根据《中华人民共和国公司法》第二十二条，公司的控股股东、实际控制人不得利用关联关系损害公司利益。违反规定，给公司造成损失的，应当承担赔偿责任。如实际控制人通过关联交易，将公司资产转移至其控制的其他企业，导致公司损失的，实际控制人需承担赔偿责任。
- 对债权人的责任：滥用公司法人独立地位逃避债务，严重损害债权人利益的，依据《公司法》相关规定，需对公司债务承担连带责任。如实际控制人通过操纵公司，使公司丧失独立法人地位，以逃避债务的，实际控制人需对公司债务承担连带责任。
- 配合法院调查：在法律纠纷或执行程序中，实际控制人有义务配合法院调查询问，拒不配合者将面临法律措施。如法院要求实际控制人提供公司财务账簿、交易记录等证据，实际控制人拒不提供的，法院可对其采取罚款、拘留等措施。
- 刑事责任：若实际控制人为实施犯罪行为而操纵公司，使公司完全丧失独立性，可能承担刑事责任。如实际控制人利用公司名义进行诈骗、洗钱等犯罪活动的，实际控制人需承担刑事责任。
- 民事与行政责任：
实际控制人因其行为导致公司损失的，需承担民事赔偿责任。如涉及违反行政管理法规，实际控制人也可能受到行政处罚。如实际控制人违反证券法规，操纵公司股价的，可能面临证券监管机构的行政处罚。
总结与区分
- 法人（法定代表人）：主要代表公司行使职权，其责任与公司行为紧密相关，包括民事责任、行政责任和刑事责任。法定代表人需谨慎行使职权，避免因过错行为或违法行为给公司及债权人造成损失。
- 实际经营人（实际控制人）：虽不直接担任公司职务，但因其实际控制权而需承担相应责任，包括对公司的赔偿责任、对债权人的连带责任、配合法院调查的义务以及特定情形下的刑事责任。实际控制人应依法行使控制权，避免滥用权力损害公司及债权人利益。
在实际操作中，公司实际经营人和公司的责任承担可能因具体案情和法律规定而有所不同。如有具体法律问题，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供详细的法律解答。