学校以学生头发不合格为由进行威胁，这一行为是否合法，需要分情况讨论：
若学校的规定不违反法律法规及公序良俗：
- 学校作为教育机构，有权制定一定的规章制度来维护教学秩序和校园环境，这包括对学生的仪容仪表提出要求。如果学校关于学生发型的规定是基于合理的教育目的，且不违反法律法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么学生应当遵守这些规定。
- 然而，“威胁”这一行为本身是不恰当的。即使学生违反了学校的合理规定，学校也应当通过教育、引导等合法、合理的方式进行处理，而不是采取威胁的手段。威胁可能侵犯学生的合法权益，如人格尊严权等，因此，从这一角度看，学校的威胁行为是不合法的。
若学校的规定违反法律法规或公序良俗：
- 如果学校关于学生发型的规定过于严苛，甚至违反了法律法规的强制性规定（如侵犯了学生的基本人权）或违背了公序良俗（如要求所有学生剃光头等），那么这样的规定本身就是不合法的。
- 在这种情况下，学生不仅有权拒绝遵守这样的规定，还有权对学校的威胁行为提出异议，并寻求法律保护。学校不得以任何非法规定为由对学生进行威胁或处罚。
法律建议：
- 对于学生而言，如果认为学校的规定不合理或学校的威胁行为侵犯了自己的合法权益，可以首先与学校进行沟通，表达自己的意见和诉求。
- 如果沟通无果，学生可以向当地的教育行政部门或相关监管机构投诉，寻求帮助和支持。
- 在必要时，学生还可以考虑通过法律途径来维护自己的合法权益，如向法院提起诉讼等。
可能法律后果：
- 如果学校的威胁行为被认定为违法，学校可能需要承担相应的法律责任，包括但不限于向学生道歉、撤销不当规定、赔偿学生损失等。
- 同时，学校的声誉和形象也可能因此受到损害，影响其未来的招生和教育工作。
总之，学校以学生头发不合格为由进行威胁的行为是否合法，取决于学校的规定是否合理以及学校采取的处理方式是否恰当。在任何情况下，学校都应当尊重学生的合法权益，通过合法、合理的方式来进行教育和管理。如果你或你身边的人遇到了类似的问题，可以直接向我咨询，我会为你提供更具体的法律建议。