针对“是亲生父子但鉴定却不是”这一情况，确实比较特殊且复杂，可能涉及多种原因，以下从几个常见角度进行分析：
鉴定过程中的错误或误差：
- 样本污染或混淆：在DNA鉴定过程中，如果样本受到污染（如其他人的DNA混入）或者样本被混淆（如拿错了样本），都可能导致鉴定结果错误。
- 技术失误：鉴定机构或鉴定人员的技术水平、操作规范等也可能影响鉴定结果。例如，实验过程中的操作不当、仪器故障等都可能导致误差。
- 建议：如果怀疑是鉴定过程中的错误或误差，可以重新选择一家有资质的鉴定机构进行复检，确保样本的纯净和正确，以及鉴定过程的规范。
非生物学上的父子关系但法律或社会认定上的父子：
- 收养关系：如果父子之间是收养关系，而非生物学上的父子，那么DNA鉴定自然无法确认亲生关系。但在法律和社会认定上，他们仍然是父子。
- 法律认定：在某些情况下，即使没有生物学上的亲子关系，法律也可能认定某人为另一人的父亲（如继父、养父等），这通常基于法律的规定或法院的判决。
- 建议：如果是这种情况，需要明确父子关系的法律基础和社会认定，以及是否需要进行法律上的确认或变更。
特殊生物学情况：
- 基因突变：虽然极为罕见，但基因突变有可能导致亲子间的DNA不匹配。这种情况在医学上非常罕见，但理论上存在可能性。
- 嵌合体现象：嵌合体是指一个人体内存在两组或两组以上的DNA序列。这种情况也可能导致亲子鉴定结果的不准确。
- 建议：如果怀疑是特殊生物学情况导致的鉴定结果异常，建议咨询专业的遗传学专家或医生，进行进一步的医学检查和评估。
鉴定机构或人员的资质问题：
- 无资质机构：如果选择的鉴定机构没有相应的资质或认证，其鉴定结果可能不可靠。
- 人员资质：鉴定人员的专业水平和经验也会影响鉴定结果的准确性。
- 建议：在选择鉴定机构时，务必确认其资质和认证情况，以及鉴定人员的专业水平和经验。
在处理这类问题时，还需要注意以下几点：
- 保护隐私：亲子鉴定涉及个人隐私和家庭关系，应谨慎处理，避免泄露给无关人员。
- 法律后果：亲子鉴定结果可能对家庭关系、财产继承、抚养权等产生法律后果，因此在进行鉴定前应充分了解并考虑这些后果。
- 寻求专业帮助：如果对此类问题感到困惑或无法处理，建议寻求专业律师或遗传学专家的帮助，他们可以提供更具体和专业的建议。
最后，如果确实遇到了“是亲生父子但鉴定却不是”的情况，不要慌张，先冷静分析可能的原因，并寻求专业帮助以解决问题。如果有任何法律上的疑问或需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问。