结论前置：合同的印花税纳税义务在合同签订时即已产生，即使后续合同作废，一般情况下仍需缴纳印花税。但具体是否缴纳及缴纳方式需根据合同变更或作废的实际情况，以及税务部门的相关规定来确定。以下从多个角度进行详细分析：

一、印花税纳税义务的产生时间

根据《中华人民共和国印花税法》第十五条的规定，印花税的纳税义务发生时间为纳税人书立应税凭证或者完成证券交易的当日。对于应税合同而言，无论合同是否列明金额，其纳税义务均在合同签订的当日产生。这意味着，一旦合同签订，纳税人就产生了缴纳印花税的义务。

二、合同作废与印花税的关系

1. 一般原则：合同签订后，即使后续因各种原因被作废，已产生的印花税纳税义务并不会因此消除。这是因为印花税是对合同签订这一法律行为征税，而非对合同的实际履行或效果征税。因此，作废合同仍需按照规定缴纳印花税，且已缴纳的印花税通常不予退还。

2. 特殊情况：如果合同在签订后并未实际履行，且纳税人能够提供充分证据证明合同未履行（如双方协商一致解除合同、因不可抗力导致合同无法履行等），那么在某些情况下，纳税人可能可以向税务部门申请退还已缴纳的印花税。但这种情况并非普遍适用，具体需根据税务部门的相关规定和实际操作来确定。

三、合同变更与印花税的处理

在实际操作中，合同变更也是常见的情况。如果已贴花的合同发生变更（如仅载明金额变动且其他条款未变），可以在原合同上加盖更改章或修正章，并注明修改的金额和日期。此时，无需再重新贴花，即无需就变更部分再次缴纳印花税。但如果合同的其他内容也发生了变化，或者需要重新签订全新的合同，则需根据新的合同金额和内容重新计算并缴纳印花税。

四、举例说明

以甲公司与乙公司签订的建设工程合同为例：

• 假设双方在2024年3月签订了一份金额为1000万元的建设工程合同，该合同属于印花税应税合同，适用万分之三的税率。那么在3月合同签订时，甲公司和乙公司就各自产生了3000元的印花税纳税义务，并应按时缴纳。
• 如果后来由于某些原因，这份合同在4月被作废，那么已产生的印花税纳税义务并不会因此消除，已缴纳的印花税也不能退还。但如果双方仅对合同金额进行了修改，并未涉及其他条款，且按照规定在合同上加盖了更改章并注明了修改金额和日期，则无需就修改部分重新缴纳印花税。

五、法律建议

1. 合规性审查：在处理合同变更或作废时，企业应仔细审查相关税务规定和操作要求，确保合规性并避免不必要的税务风险。
2. 证据保留：如果合同未实际履行且纳税人希望申请退还已缴纳的印花税，应保留充分证据以证明合同未履行的事实。
3. 咨询税务部门：对于具体操作中的疑问或不确定情况，建议及时咨询当地税务部门以获取准确指导。

综上所述，虽然作废的合同在法律上不再具有效力，但对于已经产生的印花税纳税义务，仍需按照规定进行处理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。