结论：若在诉讼请求确认协议无效的过程中，查明该协议存在应撤销的情形，那么案件的处理将涉及确认无效与请求撤销两种法律后果的竞合及处理方式的选择。以下从不同角度为你详细分析：
一、确认无效与请求撤销的法律基础及区别
确认无效：
- 法律基础：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，无效的民事法律行为自始没有法律约束力。若协议存在违反法律、行政法规的强制性规定，违背公序良俗，行为人与相对人恶意串通损害他人合法权益等情形，则该协议无效。
- 法律后果：协议被确认无效后，自始不发生法律效力，当事人因该协议取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
请求撤销：
- 法律基础：同样依据《中华人民共和国民法典》，基于重大误解、欺诈、胁迫、显失公平等情形实施的民事法律行为，行为人有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
- 法律后果：协议被撤销后，自始没有法律约束力，但撤销前已经履行的部分，可能需要根据具体情况进行返还或补偿。与确认无效类似，有过错的一方也需承担赔偿责任。
二、查明应撤销时的处理方式
选择请求撤销：
- 理由：若协议存在可撤销的情形，且撤销后更有利于保护你的合法权益，你可以选择请求撤销该协议。撤销后，协议自始无效，你可以要求对方返还因协议取得的财产或进行补偿。
- 操作：在诉讼过程中，你可以向法院提出撤销协议的请求，并提交相关证据证明协议存在可撤销的情形。
同时主张确认无效与请求撤销（实践中通常择一主张）：
- 特殊情况：虽然理论上可以同时主张，但在实践中，由于确认无效与请求撤销的法律后果相似，且通常择一主张即可达到目的，因此同时主张的情况较为少见。不过，若协议同时存在无效和可撤销的情形，且你希望从多个角度维护自己的权益，也可以考虑同时主张。
- 操作：在诉讼过程中，你需要分别阐述协议无效和可撤销的理由，并提交相应的证据。法院将根据具体情况进行审理，并作出相应的判决。
根据法院指引选择：
- 实际情况：在诉讼过程中，法院可能会根据案件的具体情况，向你释明法律后果，并引导你选择更合适的请求。例如，如果法院认为协议更符合可撤销的情形，可能会建议你变更诉讼请求为撤销协议。
- 操作：在这种情况下，你需要认真听取法院的指引，并根据自己的实际情况和权益保护的需要，选择合适的请求。
三、建议与注意事项
充分准备证据：无论你选择确认无效还是请求撤销，都需要充分准备证据来证明协议存在无效或可撤销的情形。证据可能包括协议文本、相关交易记录、沟通记录、证人证言等。
咨询专业律师：虽然我在这里为你提供了法律分析和建议，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，在诉讼过程中，建议你咨询专业律师，以便更准确地把握案件的法律走向和诉讼策略。不过，既然你已经在向我咨询，我会尽我所能为你提供专业的法律帮助。
注意诉讼时效：请求撤销协议的诉讼时效期间为一年，自你知道或者应当知道撤销事由之日起计算。因此，你需要及时行使自己的权利，以免错过诉讼时效。
希望以上分析能对你有所帮助。如果你还有其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。