停工留薪期的工资待遇是否包含年终奖，主要取决于年终奖在用人单位薪酬体系中的性质和定义，以及劳动合同、单位规章制度等的具体规定。以下是对这一问题的详细分析：
年终奖作为工资组成部分的情况：
- 若用人单位的薪酬制度或员工的劳动合同中明确规定年终奖是工资的组成部分，例如劳动合同约定员工的年收入包括基本工资、绩效工资及根据公司业绩和个人表现发放的年终奖，那么年终奖应视为工资的一部分。
- 在这种情况下，即使员工处于停工留薪期，根据《工伤保险条例》第三十三条的规定，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。因此，员工也应按照原工资福利待遇获得年终奖。
年终奖作为奖励性质的情况：
- 若年终奖是用人单位根据年度经济效益和员工个人全年综合表现等额外给予的奖励，并非工资的固定组成部分，例如公司规定只有当年在职满全年且绩效达标的员工才有资格获得年终奖。
- 由于这种年终奖并非员工固定工资收入的一部分，且其发放取决于多种因素，因此在停工留薪期内，用人单位通常有权自主决定是否发放此类年终奖。但这一做法需确保不违反相关法律法规和劳动合同的约定，否则可能面临法律风险。
综合建议：
- 明确约定：用人单位和员工在签订劳动合同时，应明确约定薪酬的组成部分，包括年终奖的性质和发放条件。这有助于避免后续争议，并确保双方的权益得到保障。
- 参考规章制度：在处理停工留薪期工资待遇问题时，用人单位应首先参考当地的相关法律法规和公司规章制度，确保符合法律法规的要求。同时，员工也有权了解并遵守这些规定。
- 及时沟通：若存在争议或不明确之处，用人单位和员工应及时沟通并寻求解决方案。这有助于维护双方的和谐关系，并确保员工的合法权益得到保护。
总之，停工留薪期的工资待遇是否包含年终奖，需根据具体情况进行判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。