由劳动者提出双方协商一致解除劳动合同，对公司而言，既可能带来积极影响，也可能存在消极影响，具体分析如下：
积极影响
优化人力资源配置：
- 当劳动者主动提出解除劳动合同时，企业可以借此机会清理不适应岗位需求或发展策略的员工，为引进更符合当前和未来业务需求的新员工腾出空间。例如，企业正在向数字化转型，此时有员工主动提出离职，企业可以招聘具备数字化技能的新员工，从而推动企业的转型升级。
降低用工成本：
- 在经营困难或市场萎缩的情况下，劳动者主动提出解除劳动合同可以减少企业的员工数量，进而降低工资、社保、福利等支出，有助于企业缓解财务压力。特别是在疫情等特殊时期，这种协商解除劳动合同的方式可以帮助企业合理控制人力成本，维持正常运营。
维护良好劳动关系：
- 劳动者主动提出解除劳动合同，往往意味着双方能够友好协商，避免因劳动争议引发的仲裁、诉讼等法律程序。这不仅可以节省企业的时间、精力和资金成本，还有助于维护企业的良好形象和声誉。
消极影响
人才流失风险：
- 如果提出解除劳动合同的劳动者是关键岗位或核心员工，那么企业的宝贵人才资源可能会流失，进而影响正常生产经营和市场竞争力。例如，科技公司的研发团队核心成员离职，可能会带走相关技术和研发思路，对新产品研发和市场竞争力造成冲击。
声誉和形象受损：
- 虽然劳动者主动提出解除劳动合同本身不一定直接损害企业形象，但如果频繁发生或处理不当（如未妥善支付经济补偿、未履行离职手续等），可能会引发外界对企业稳定性和管理能力的质疑，进而影响市场认可度、客户信任度和人才吸引力。
经济补偿成本：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，即使是由劳动者提出协商一致解除劳动合同，如果双方没有特别约定不支付经济补偿金，且用人单位存在过错或符合法定支付情形（如未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件、未及时足额支付劳动报酬等），用人单位仍可能需要支付经济补偿金。这会增加企业的财务支出，特别是在涉及员工数量多或工作年限长的情况下，经济补偿金额可能相当可观。不过，若由劳动者主动提出，且双方无特别约定，用人单位可不支付经济补偿金，这一点需根据具体情况判断。
员工士气与稳定性受影响：
- 劳动者主动提出解除劳动合同可能会对其他员工的士气和稳定性产生负面影响。其他员工可能会担心自己的工作安全，进而影响工作氛围和团队凝聚力。此外，如果离职员工在团队中具有较高的影响力或威望，其离职还可能引发其他员工的跟随离职。
知识和经验传承中断：
- 老员工离职可能导致企业内部知识和经验传承断层。新员工需要时间来适应工作和掌握技能，而在过渡期间，工作效率和质量可能会受到影响。特别是对于那些需要高度专业知识和技能的工作岗位来说，这种影响可能更为显著。
业务连续性受影响：
- 关键岗位员工离职可能对业务连续性造成影响。特别是当这些员工掌握重要客户信息、技术秘密或业务流程时，其离职可能导致业务中断或客户流失。因此，企业需要确保业务交接顺畅，以避免业务中断带来的损失。
建议措施
- 制定合理经济补偿方案：如果根据法律规定或双方约定需要支付经济补偿金，企业应确保经济补偿合法合规且符合员工期望，以平衡企业成本与员工权益。
- 加强员工沟通：企业应提前与员工沟通，解释解除劳动合同的原因和计划，以稳定军心并减少不必要的恐慌和误解。
- 优化招聘和培训流程：企业应提高招聘效率和培训质量，以降低新员工适应期成本和时间，并确保新员工能够迅速融入团队并发挥作用。
- 建立人才储备机制：企业应培养接班人并建立人才梯队，以减少关键岗位员工离职对企业的影响。
- 强化法律合规意识：企业应确保协商解除劳动合同过程合法合规，避免法律风险，并维护企业的良好形象和声誉。
综上所述，由劳动者提出双方协商一致解除劳动合同对公司而言具有多方面的影响。企业在实施此操作时，应全面考虑其积极与消极影响，并采取相应措施以最大化正面效果、最小化负面效应。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。