结论：股东转让公司股权后，若发现股东与公司财产混同，诉讼时效的计算需根据具体情况确定，但一般而言，从权利人知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算三年。
分析：
诉讼时效的基本规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
股东与公司财产混同的法律后果：
- 股东与公司财产混同，通常指的是股东将公司财产视为自己财产，随意进行支配和使用，导致公司财产与股东个人财产无法区分。这种行为可能构成对公司独立人格的滥用，损害公司债权人的利益。在极端情况下，法院可能会“揭开公司面纱”，否认公司的独立人格，要求股东对公司债务承担连带责任。
诉讼时效在股东与公司财产混同情境下的应用：
- 当股东转让股权后，若发现原股东存在与公司财产混同的行为，且该行为损害了公司或债权人的利益，受损害方有权提起诉讼要求赔偿。此时，诉讼时效的计算应从受损害方知道或应当知道该财产混同行为及其损害后果之日起计算三年。
- 需要注意的是，如果受损害方在股权转让时并不知情，且该不知情并非由于其自身过错导致，那么诉讼时效的计算可能会从其实际知道或应当知道之日起算。此外，如果存在诉讼时效中断或中止的情形（如受损害方向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务、发生不可抗力等），诉讼时效的计算也会相应受到影响。
实际操作建议：
- 对于受损害方而言，一旦发现股东与公司财产混同的行为，应尽快收集证据并咨询专业律师，以确定诉讼时效的起算点及是否已过期。
- 对于股东而言，应严格遵守公司法规定，保持公司财产与个人财产的独立，避免财产混同行为的发生，以减少法律风险。
特殊情况说明：
- 如果股东与公司财产混同的行为持续存在，且受损害方一直不知情，那么诉讼时效的计算可能会更加复杂。在这种情况下，建议受损害方及时咨询专业律师，以获取更具体的法律建议。
总结与建议：
- 股东转让公司股权后，若发现股东与公司财产混同，应尽快了解诉讼时效的相关规定，并根据自身情况采取相应的法律措施。
- 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。