在提供虚假文件证明罪中，若仅尾气检测系虚假而其他项目真实，违法所得的认定需结合具体案情和法律规定进行综合分析。以下是从不同角度对此问题的详细解答：
一、违法所得的基本认定原则
违法所得，通常指的是行为人通过实施违法行为所获得的利益。在提供虚假文件证明罪中，违法所得的认定应遵循“实际获取利益”的原则，即行为人因提供虚假文件而实际获得的财物或财产性利益。
二、仅尾气检测虚假时的违法所得认定
若虚假部分直接影响检测结果及费用：
- 如果尾气检测的虚假结果直接导致了检测费用的增加（例如，因虚假结果而需要重新检测或支付额外费用），那么这部分增加的费用应被认定为违法所得。
- 若虚假结果使得车辆通过了原本可能无法通过的检测，从而避免了因未通过检测而可能产生的维修、整改等费用，这部分避免的费用在某种程度上也可视为违法所得（但需具体分析，因为避免的费用并非直接获得，而是间接节省）。
若虚假部分未直接影响检测结果及费用，但构成整体虚假文件的一部分：
- 在这种情况下，虽然虚假部分（尾气检测）可能未直接导致费用的增加或避免，但整个文件（包括真实和虚假部分）的提供构成了违法行为。此时，违法所得的认定可能更侧重于行为人因提供整个虚假文件而获得的报酬或利益。
- 如果行为人因提供整个虚假文件（包括真实和虚假部分）而获得了固定的报酬，那么这部分报酬应被全额认定为违法所得，因为虚假部分是整体违法行为的一部分。
考虑行为人的主观意图和客观行为：
- 违法所得的认定还需考虑行为人的主观意图。如果行为人明知尾气检测是虚假的，但仍故意提供整个文件以获取利益，那么其主观恶性较大，违法所得的认定应更为严格。
- 客观行为方面，需分析行为人提供虚假文件的具体方式、手段以及造成的后果等，以综合判断违法所得的数额。
三、司法实践中的考量因素
- 虚假部分的严重程度：尾气检测的虚假程度（如是否严重超标、是否故意伪造数据等）会影响违法所得的认定。
- 整体文件的影响力：整个虚假文件对检测结果、车辆使用、环境保护等方面的影响程度也是认定违法所得时需要考虑的因素。
- 行为人的获利情况：包括行为人因提供虚假文件而直接获得的报酬、间接节省的费用以及可能获得的未来利益等。
四、法律建议
- 对于行为人：应严格遵守法律法规，不得提供任何虚假文件或证明。如已涉嫌违法，应积极配合调查，如实陈述事实，争取从轻或减轻处罚。
- 对于受害方：如因行为人提供虚假文件而遭受损失，应及时收集证据并报警或提起诉讼，要求行为人承担相应的法律责任并赔偿损失。
综上所述，仅尾气检测虚假时的违法所得认定需结合具体案情和法律规定进行综合分析。如有具体案件或法律问题，建议直接向我咨询，以便提供更具体的法律意见。