公司破产后，已经申请执行的债权将按照以下方式处理：

1. 债权申报与确认
   根据《企业破产法》第四十八条，债权人应在法院确定的债权申报期限内，向管理人申报债权。已取得执行依据（如生效判决、裁决书）的债权人，需提交执行文书及债权证明材料。管理人审查后编制债权表，提交债权人会议核查，最终由法院裁定确认。未依法申报的债权，在破产程序中不得行使权利。

2. 执行程序的中止与转换
   法院受理破产申请后，针对债务人财产的所有执行程序均中止（《企业破产法》第十九条）。已申请执行的债权需转为破产债权，通过破产清算、重整或和解程序受偿。若债权人已取得财产保全措施（如查封、冻结），管理人有权要求解除保全，将财产纳入破产财产统一分配。

3. 债权清偿顺序
   根据《企业破产法》第一百一十三条，破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，按以下顺序分配：

   • 第一顺序：职工工资、医疗伤残补助、抚恤费用，基本养老保险/医疗保险费用，补偿金；
     
   • 第二顺序：社保费用及欠缴税款；
     
   • 第三顺序：普通破产债权（包括已申请执行的债权）。
     若财产不足清偿同一顺序债权，按比例分配。

4. 特殊情形处理

   • 担保债权优先受偿：若债权设有抵押、质押等担保，债权人可就担保物优先受偿，不足部分转为普通债权（《企业破产法》第一百零九条）。
     
   • 执行回转与追缴：若破产企业财产被非法处置，管理人可申请法院执行回转；若股东未履行出资义务，可追缴出资用于清偿债务。
     
   • 重整与和解程序：若企业进入重整或和解，债权人需按方案调整受偿比例或期限，但可保留对担保物的权利。

实务建议：

• 及时向管理人申报债权，并关注债权表公示，如有异议需在15日内向法院提起诉讼；
  
• 参与债权人会议，行使表决权，监督破产程序进展；
  
• 若发现债务人财产被隐匿、转移，可向管理人或法院举报，维护自身权益。
  

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