关于非法集资仓库的运费是否要赔偿的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况来综合判断。以下是我从不同角度为你进行的分析：

1. 合同关系与运费承担：

   • 如果货物买卖合同中明确约定了运费的承担方，那么应当按照合同约定来执行。例如，如果合同中规定由买方承担运费，那么即使货物涉及非法集资，买方仍需按照合同约定支付运费。
   • 如果合同中没有明确约定运费的承担方，或者约定不明确，那么通常需要根据交易习惯、行业惯例以及公平原则来综合判断。在这种情况下，如果货物已经交付给买方，且买方已经接受了货物，那么买方可能需要承担运费。

2. 非法集资对合同效力的影响：

   • 非法集资行为本身并不直接导致货物买卖合同的无效。合同的效力主要取决于合同双方的意思表示是否真实、合法，以及合同内容是否违反法律、行政法规的强制性规定。
   • 如果货物买卖合同本身并不涉及非法集资行为，且合同双方均具备相应的民事行为能力，那么合同通常是有效的。在这种情况下，运费的承担应当按照合同约定或相关法律规定来执行。
   • 如果货物买卖合同与非法集资行为存在关联，例如合同是非法集资的一部分或用于非法集资的目的，那么合同可能因违反法律、行政法规的强制性规定而被认定为无效。在这种情况下，运费的承担可能需要根据合同无效后的法律后果来综合判断，例如双方可能需要根据过错程度分担损失。

3. 实际履行与运费支付：

   • 在实际交易中，如果货物已经实际交付，且买方已经接受了货物，那么买方通常需要支付相应的运费，无论合同是否涉及非法集资。这是因为运费的支付是货物买卖合同履行的一部分，与合同的合法性或有效性无直接关联。
   • 如果货物尚未交付或买方拒绝接受货物，那么运费的支付问题可能需要根据合同的具体条款以及双方协商的结果来确定。

4. 法律后果与救济途径：

   • 如果因非法集资行为导致合同无效或无法履行，双方可能需要根据《中华人民共和国民法典》中关于合同无效或解除的规定来处理运费问题。例如，双方可能需要根据过错程度分担损失，或者一方可能需要向另一方赔偿因合同无效或解除而造成的损失。
   • 在处理此类纠纷时，建议双方首先通过协商来解决问题。如果协商无果，可以考虑通过诉讼或仲裁等法律途径来维护自己的合法权益。

总结与建议：

• 非法集资仓库的运费是否要赔偿，取决于货物买卖合同的约定、非法集资行为对合同效力的影响、货物的实际履行情况以及双方协商的结果。
• 在处理此类纠纷时，建议双方首先仔细审查合同条款，了解各自的权利和义务。同时，也可以考虑咨询专业律师的意见，以便更好地维护自己的合法权益。

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