可以申诉，但能否成功撤销处罚需结合具体情况判断。以下从不同角度为你详细分析：
法律依据与申诉合理性
根据《道路交通安全违法行为处理程序规定》第二十二条，交通技术监控设备记录或者录入道路交通违法信息管理系统的违法行为信息，有下列情形之一并经核实的，违法行为发生地或者机动车登记地公安机关交通管理部门应当自核实之日起三日内予以消除：
- 因交通信号指示不一致导致的：若交通路口的故障排水导致信号灯显示异常（如红灯与绿灯同时亮、红灯长时间不切换等），属于信号指示不一致的情形，此时闯红灯可申诉。
- 因避让故障车辆、事故车辆等特殊情况导致的：虽然此条款未直接提及排水故障，但若排水故障导致路面严重积水、车辆无法正常通行，你为避让积水或故障车辆而闯红灯，也可尝试以此为由申诉，需提供现场照片、视频等证据证明当时路况的特殊性。
申诉流程与所需材料
- 申诉流程：
- 通常需在收到处罚决定书之日起60日内，向作出处罚决定的公安机关交通管理部门提出申诉。
- 可以通过线上（如交管12123APP）或线下（前往交警队违法处理窗口）的方式提交申诉。
- 所需材料：
- 身份证明：如身份证、驾驶证等，证明你的身份信息。
- 行驶证：证明车辆信息。
- 处罚决定书：证明你已收到闯红灯的处罚。
- 证据材料：这是申诉的关键，包括现场照片、视频等，需清晰显示交通路口的排水故障情况、信号灯状态以及你的车辆位置等，以证明闯红灯是由于排水故障这一客观原因导致。
申诉成功的关键因素
- 证据的充分性与有效性：提供的证据需能够清晰、准确地证明排水故障与闯红灯之间的因果关系。例如，照片或视频需显示排水故障导致路面积水严重，影响车辆正常通行，且信号灯显示异常或你为避让积水而不得不闯红灯。
- 交通管理部门的调查核实：交通管理部门会对你的申诉进行调查核实，包括查看现场监控、询问相关证人等。若调查结果与你的申诉理由相符，则会撤销处罚。
若申诉不成功的后续处理
如果申诉未被采纳，你仍认为处罚不当，可以在知道该具体行政行为之日起60日内，向作出处罚决定的公安机关交通管理部门的上一级主管部门或同级人民政府申请行政复议；也可以在知道该具体行政行为之日起6个月内，直接向人民法院提起行政诉讼。
建议：在遇到此类情况时，第一时间收集证据，并按照申诉流程及时提出申诉。若对申诉流程或证据收集有疑问，可以直接向我咨询，我会为你提供更详细的指导。