结论：公司因迟到扣工资是否合法需分情况讨论，若公司规章制度合法且迟到扣款合理，则合法；反之则不合法。若公司不合法扣款，员工可通过与公司协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等方式维权。
详细分析：
公司规章制度合法且迟到扣款合理的情况：
- 规章制度合法性：根据《劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。并且，用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。如果公司的规章制度经过了上述合法程序，并且内容不违反法律、行政法规及政策规定，那么该规章制度是合法的。
- 迟到扣款合理性：即使规章制度合法，扣款也需合理。一般来说，扣款金额不应超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。如果公司扣款超过这一限度，或者扣款方式不合理（如按次扣款但金额过高），则可能被视为不合法。
公司规章制度不合法或迟到扣款不合理的情况：
- 如果公司的规章制度没有经过合法程序制定，或者内容违反法律、行政法规及政策规定，那么该规章制度是不合法的，公司依据此规章制度扣款也是不合法的。
- 如果公司扣款超过法定限度，或者扣款方式不合理，同样被视为不合法。
投诉与维权方式：
与公司协商：
- 员工可以先尝试与公司进行协商，表达对公司扣款行为的不满，并要求公司纠正。在协商过程中，员工可以引用相关法律法规，说明公司扣款行为的不合法性。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉。投诉时，员工需要提供相关证据，如工资条、考勤记录、公司规章制度等，以证明公司扣款行为的不合法性。劳动监察部门会依法进行调查，并作出处理决定。
申请劳动仲裁：
- 如果劳动监察部门的处理结果不能满足员工的需求，员工还可以向劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。在仲裁过程中，员工需要提交仲裁申请书、相关证据等材料，并参加仲裁庭审。仲裁委员会会依法作出裁决，维护员工的合法权益。
建议：
- 员工在遇到公司因迟到扣工资的情况时，应首先了解公司的规章制度和扣款方式是否合法合理。
- 如果认为公司扣款行为不合法，员工应积极与公司协商，并保留好相关证据。
- 如果协商无果，员工应及时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
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