运输发票的归属需根据合同实际履行情况及交易性质判断，通常可能计入买卖合同或运输合同，具体分以下两种情形：

1. 若运输服务由买卖合同一方（如卖方）提供，且运费已包含在货物价款中
   根据《民法典》第六百一十九条，买卖合同标的物毁损、灭失的风险承担规则中，若卖方负责运输且未明确约定运费承担方，通常视为运费已包含在货物总价中。此时运输发票应计入买卖合同成本，由买方承担运费（即使发票开具给卖方，买方也可通过合同约定或实际履行情况主张抵扣）。
   例如：A公司向B公司销售设备，合同约定“送货上门”，但未单独列明运费。A公司委托C物流运输并取得发票，该发票费用应计入A与B的买卖合同总价，由B最终承担。

2. 若运输服务由独立第三方提供，且买卖合同双方明确约定运费由一方单独承担
   根据《民法典》第八百零九条，运输合同是承运人将旅客或货物从起运地点运输到约定地点，旅客、托运人或收货人支付票款或运输费用的合同。此时运输发票应直接计入运输合同关系：

   • 若买方承担运费：买方与承运人签订运输合同，发票开具给买方，计入买方成本；
     
   • 若卖方承担运费：卖方与承运人签订运输合同，发票开具给卖方，但若卖方通过提高货物价格将运费转嫁买方，则需通过合同条款明确费用分担，避免重复计税。
     例如：A公司向B公司销售原材料，合同明确“运费由买方承担”。B公司委托C物流运输并支付费用，C向B开具发票，该费用与买卖合同无关，仅涉及B与C的运输合同。

实务建议：

• 合同中应明确约定“运输方式、运费承担方及发票开具对象”，避免模糊表述（如“送货上门”可能引发争议）；
  
• 若涉及增值税专用发票，需确保“三流一致”（合同流、资金流、货物流），否则可能被税务机关认定为虚开发票；
  
• 复杂交易中（如FOB、CIF等贸易术语），需结合国际惯例（如《INCOTERMS 2020》）确定运费承担方及发票归属。
  

如有具体合同条款或交易场景需要分析，可进一步提供细节，我会结合法律条文及司法实践为您详细解答。