核心结论：在清算时预付款没有发票导致无法收回，可尝试通过协商、补充证据、法律诉讼等途径解决，具体如下：

1. 与对方协商

   • 友好沟通：首先尝试与支付预付款的对方进行友好协商，向其说明目前公司处于清算阶段，需要收回预付款以完成清算程序，保障各方合法权益。以平和的态度请求对方配合提供发票或者协商预付款的返还事宜。
   • 协商解决方案：在协商过程中，可以提出一些双方都能接受的解决方案。例如，如果对方确实无法开具发票，可以协商由对方提供其他合法有效的凭证来证明该笔预付款的真实性，如收据、转账记录、双方签订的关于预付款的协议等，同时要求对方书面承诺该笔款项的性质和用途，以便在清算过程中作为依据。

2. 收集补充证据

   • 内部证据整理：梳理公司内部与该笔预付款相关的所有文件和记录，如预付款的审批流程文件、付款申请单、财务记账凭证等。这些内部证据可以在一定程度上证明预付款的真实性和合法性，即使没有发票，也能为后续的处理提供支持。
   • 外部证据获取：除了与对方协商获取的证据外，还可以尝试从其他渠道获取相关证据。例如，如果预付款是用于购买货物或服务，可以联系相关的供应商或服务提供商，看是否能从他们那里获得与该笔交易有关的证明材料，如送货单、服务确认单等。

3. 法律诉讼途径

   • 起诉要求返还：如果协商无果，且收集到的证据能够证明预付款的真实性和对方的违约行为，可以考虑向法院提起诉讼，要求对方返还预付款。在起诉时，需要向法院提交详细的起诉状和相关证据材料，明确诉讼请求和事实理由。
   • 申请财产保全：为了防止对方在诉讼过程中转移财产，导致判决后无法执行，可以在起诉的同时向法院申请财产保全。法院会根据具体情况决定是否采取保全措施，如冻结对方的银行账户、查封其财产等，以确保将来判决能够得到有效执行。

4. 清算程序中的处理

   • 申报债权：在公司清算程序中，将该笔预付款作为债权进行申报。向清算组提供收集到的所有证据材料，说明预付款的情况和无法收回的原因。清算组会对申报的债权进行审核和确认，并根据清算方案进行处理。
   • 参与分配：如果公司财产不足以清偿全部债务，在清算程序中，该笔预付款债权将按照法定顺序参与分配。在这种情况下，即使最终无法全额收回预付款，也能按照一定比例获得清偿。