若男方已在网上提起离婚诉讼且女方同意离婚，案件将按以下流程处理：

1. 法院受理与送达程序
   男方提交的起诉材料经法院形式审查合格后，会正式立案并向女方送达《应诉通知书》《起诉状副本》等法律文书。女方需在《送达回证》上签字确认，表明已收到诉讼材料。此时女方可向法院提交书面答辩意见，明确表示同意离婚。

2. 调解前置程序
   根据《民法典》第1079条，离婚诉讼必须经过调解程序。法院会组织双方进行调解，若女方明确表示同意离婚且双方对子女抚养、财产分割、债务处理等事项达成一致意见，法院将制作《调解协议书》，经双方签字确认后出具《民事调解书》。该调解书与判决书具有同等法律效力，婚姻关系自调解书送达双方时解除。

3. 调解不成时的审理程序
   若双方对离婚相关事项存在争议（如子女抚养权归属、财产分割比例等），法院将转入正式审理程序。此时需注意：

   • 证据提交：双方需围绕争议焦点提交证据（如房产证明、收入证明、子女生活记录等），法院会根据证据规则认定事实。
     
   • 庭审程序：法院会组织开庭审理，双方可陈述意见、质证、辩论。若女方在庭审中仍坚持同意离婚，法院将重点审查双方感情是否确已破裂（如分居时间、矛盾根源等）。
     
   • 判决结果：若法院认定感情破裂且调解无效，将判决准予离婚；若认为感情尚未破裂，可能判决驳回起诉，但女方可在判决生效6个月后再次起诉。

4. 特殊情形处理

   • 涉外因素：若一方为外籍或居住在国外，需通过涉外民事诉讼程序处理，可能涉及司法协助、公告送达等特殊规则。
     
   • 军婚保护：若一方为现役军人，需经军人同意（除非军人有重大过错），否则法院可能不予离婚。
     
   • 家庭暴力：若存在家暴情形，女方可同时申请《人身安全保护令》，法院会优先处理并可能直接判决离婚。

实务建议：

• 双方可提前签订《离婚协议书》，明确子女抚养、财产分割等事项，提高调解效率。
  
• 女方需保留同意离婚的书面证据（如微信聊天记录、书面声明等），避免后续反悔引发纠纷。
  
• 若涉及复杂财产（如公司股权、海外资产），建议委托律师进行财产调查，防止遗漏或隐匿财产。
  

如有具体争议点或需要进一步分析，可直接向我说明案件细节，我会结合司法实践提供针对性建议。