结论：农村的树被钉上古树名木标识是否违法，需根据具体情况判断，主要包括是否经过合法程序认定、是否对树木造成损害以及钉标识的行为是否符合相关规定等几个方面。

1. 是否经过合法程序认定

古树名木的认定通常需要经过一定的程序，包括专家评估、公示等环节，以确保认定的准确性和公正性。如果农村的树被未经合法程序擅自钉上古树名木标识，那么这种行为可能是违法的，因为它可能侵犯了树木的所有权人或管理人的权益，同时也可能扰乱了古树名木的管理秩序。

2. 是否对树木造成损害

钉上古树名木标识本身，如果操作得当，通常不会对树木造成直接损害。但是，如果钉标识的过程中对树木造成了损伤，比如钉入了树木的木质部，影响了树木的生长或健康，那么这种行为就可能构成违法。因为根据相关法律法规，任何单位和个人都有保护古树名木的义务，不得损害古树名木的正常生长。

3. 钉标识的行为是否符合相关规定

即使树木被合法认定为古树名木，钉标识的行为也需要符合相关规定。比如，标识的材质、大小、位置等都需要符合保护古树名木的要求，不能对树木造成不良影响。如果钉标识的行为违反了这些规定，那么也可能构成违法。

法律建议：

• 如果您发现农村的树被未经合法程序擅自钉上古树名木标识，或者钉标识的行为对树木造成了损害，或者违反了相关规定，您可以向当地的林业部门或城市绿化管理部门举报，由相关部门进行调查处理。
• 如果您是树木的所有权人或管理人，且认为钉标识的行为侵犯了您的权益，您可以依法向人民法院提起诉讼，要求侵权人承担相应的法律责任。

可能法律后果：

• 对于未经合法程序擅自钉上古树名木标识的行为，相关部门可能会责令停止违法行为，恢复原状，并可能处以罚款等行政处罚。
• 如果钉标识的行为对树木造成了损害，侵权人可能需要承担赔偿损失等民事责任。
• 如果钉标识的行为违反了相关规定，且情节严重，构成犯罪的，还可能依法追究刑事责任。

如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。