结论前置：签了三方协议后考上研究生，是否需要赔付违约金，主要取决于三方协议的具体约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度为你详细分析：
一、三方协议的具体约定
三方协议，即《全国普通高等学校毕业生就业协议书》，是明确毕业生、用人单位、学校三方在毕业生就业工作中的权利和义务的书面表现形式。若三方协议中明确约定了考研属于可解除协议且无需担责的情形，例如“若学生考取研究生，本三方协议自动解除，学生不承担违约责任”，那么你考研成功后就无需支付违约金。相反，若协议中未提及考研相关内容或无免责条款，那么你考研成功可能构成对协议的违约，需按约定支付违约金。
二、考研成功后的特殊情况与国家政策
当你考研成功后，你的身份和就业意向发生了变化，通常意味着你将不再履行原三方协议中的就业条款。根据国家相关政策，用人单位不得收取考上研究生的学生的违约金，三方协议会自动作废，你无需支付违约金。这一规定体现了国家对高等教育和人才培养的支持与鼓励。
三、劳动合同法的相关规定
根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，违约金的设定有严格的限制。只有在特定情况下，如用人单位为劳动者提供专项培训费用并进行专业技术培训且约定服务期，或者涉及竞业限制的情况下，才可以约定违约金。如果三方协议中没有涉及这些特殊情况，那么违约金的设定可能是无效的。因此，在判断是否需要支付违约金时，还需考虑劳动合同法的相关规定。
四、实际操作建议
仔细审查协议：首先，应仔细审查三方协议中关于违约责任的条款，了解具体的违约情形和违约金金额。这是判断你是否需要支付违约金的基础。
与用人单位沟通：如果协议中未明确约定考研成功可免除违约责任，或者你对协议内容有疑问，建议及时与用人单位进行沟通。诚恳说明考研成功的情况和未来深造计划，争取获得对方的理解和支持，也许能够达成不支付违约金而解除协议的共识。
书面通知用人单位：在决定不再履行三方协议时，应提前三十日以书面形式通知用人单位，以符合劳动合同法的相关规定，并确保双方权益得到妥善处理。
寻求法律帮助：如果与用人单位沟通无果，或者你对协议内容、法律法规有进一步的疑问，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业的法律意见和帮助。
总结与提醒：签了三方协议后考上研究生是否需要赔付违约金，是一个需要综合考虑多方面因素的问题。建议你首先仔细审查协议内容，了解具体的违约情形和违约金金额；其次，与用人单位进行积极沟通，争取达成共识；最后，如有需要，及时寻求法律帮助。希望这些建议能对你有所帮助。