民事案件中有抵押担保的财产，债权人仍然可以申请财产保全。以下是对此问题的详细解答：

一、法律依据与原则

根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，人民法院对于可能因当事人一方的行为或者其他原因，使判决难以执行或者造成当事人其他损害的案件，可以根据对方当事人的申请，作出财产保全的裁定。这一规定并未将设有抵押担保的财产排除在可保全财产范围之外。财产保全的基本原则是为了保障将来生效法律文书能够顺利执行，防止债务人转移或隐匿财产。因此，只要符合法律规定的条件，设有抵押担保的财产也可以成为保全的对象。

二、申请财产保全的条件

1. 存在风险：债权人需要证明存在可能导致将来判决难以执行的情形，如债务人转移、隐匿财产等。同时，如果抵押权人认为抵押物的价值可能会减少或者有其他损害抵押权的情况，也可以提出保全申请。

2. 提供担保：由于财产保全可能对债务人的财产权益造成影响，法院在采取保全措施前，可能会要求申请人提供足额的担保，以确保在保全错误时能够赔偿债务人或抵押权人可能遭受的损失。

三、实际操作中的考虑因素

1. 抵押权人的利益保护：

   • 在对设有抵押担保的财产进行保全时，必须充分考虑抵押权人的利益。抵押权人通常对该财产享有优先受偿权，保全措施不应损害其合法权益。
   • 法院在采取保全措施时，可能会与抵押权人进行沟通，确保保全措施不会对其优先受偿权造成不当影响。

2. 财产的价值评估：

   • 法院会对设有抵押担保的财产的实际价值进行评估，以确定保全的必要性和合理性。如果财产价值远高于债务金额，且不存在转移风险，法院可能会认为无需采取保全措施。
   • 评估过程中会考虑财产的市场价格、抵押情况、剩余贷款余额等因素。

3. 保全措施的具体形式：

   • 对于设有抵押担保的财产，法院可能会采取查封、扣押等保全措施，但一般不会直接拍卖或变卖该财产以清偿债务（除非债权人同意或法律另有规定）。
   • 查封期间，财产的使用权和收益权可能受到限制，但所有权仍归原所有人所有。

4. 与其他债权人的协调：

   • 如果财产上存在多个抵押权或其他债权关系，法院在采取保全措施时会综合考虑各方利益，确保公平合理。
   • 可能需要与其他债权人协商或按照法定顺序处理债权关系。

四、申请财产保全的程序

1. 提交申请：债权人需向有管辖权的人民法院提交书面申请，并提供相关证据材料，证明存在可能导致将来判决难以执行的情形。

2. 法院审查：法院会对申请进行审查，若认为符合条件，将依法作出财产保全的裁定。

3. 采取保全措施：法院根据裁定采取查封、扣押等相应的保全措施，并通知债务人或相关权利人。

五、注意事项

1. 财产保全措施并不改变抵押物上的权利状态，抵押权人的优先受偿权不受影响。

2. 申请财产保全需要遵循法律程序，否则可能导致申请无效或承担法律责任。

3. 在实际操作中，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和帮助，确保申请的合法性和有效性。

综上所述，民事案件中有抵押担保的财产，债权人仍然可以申请财产保全，但需注意遵守相关法律程序和规定，确保申请的合法性和有效性。