行政机关负责人未出庭，开庭笔录本身仍然是有效的，但这一情况可能涉及程序合法性的问题，具体分析如下：

1. 开庭笔录的有效性：

   • 开庭笔录是法庭审理过程中，记录审判人员、当事人、诉讼代理人及其他诉讼参与人的主要活动和对案件事实、证据、法律适用等问题的陈述、辩论情况的书面材料。
   • 它的有效性并不完全依赖于行政机关负责人是否出庭，而是取决于记录的内容是否真实、准确、完整地反映了庭审过程。
   • 因此，即使行政机关负责人未出庭，只要开庭笔录真实记录了庭审情况，它仍然具有法律效力。

2. 行政机关负责人未出庭的法律后果：

   • 根据《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定，被诉行政机关负责人应当出庭应诉。如果无正当理由拒不到庭，人民法院可以依法缺席判决，或者将有关情况记录在案和在裁判文书中载明，并可以建议有关机关依法作出处理。
   • 这意味着，行政机关负责人未出庭并不直接导致开庭笔录无效，但可能影响案件的审理结果和行政机关的信誉。
   • 此外，如果行政机关负责人未出庭且没有正当理由，这可能被视为对法庭的不尊重，也可能影响法庭对行政机关行为的合法性、合理性的判断。

3. 对当事人的影响：

   • 对于原告（通常是行政相对人）而言，行政机关负责人未出庭可能使其失去了一次直接与行政机关负责人沟通、阐述自己观点和诉求的机会。
   • 但这并不意味着原告的权益无法得到保障，因为法庭仍然会依法审理案件，并根据证据和法律规定作出判决。

4. 建议与应对措施：

   • 如果行政机关负责人未出庭，当事人可以在庭审过程中提出异议，并要求法庭记录在案。
   • 庭审结束后，当事人如果认为行政机关负责人的未出庭行为影响了案件的公正审理，可以在上诉或申请再审时提出相关理由。
   • 同时，当事人也可以向相关机关反映行政机关负责人的未出庭情况，要求其依法作出处理。

总结来说，行政机关负责人未出庭并不直接导致开庭笔录无效，但可能涉及程序合法性的问题，并可能影响案件的审理结果和行政机关的信誉。如果你在行政诉讼中遇到此类情况，或者有任何其他法律问题，都可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见和帮助。