结论：能否办理护照需分情况讨论，若案件已终结（如撤案、不起诉、判决生效且无限制出境情形），通常可以办理；若案件尚未终结或存在限制出境措施，则无法办理。以下为具体分析：
一、案件状态对办理护照的影响
案件终结情形
若取保候审结束后，案件已通过以下方式终结：
- 公安机关撤销案件；
- 检察院作出不起诉决定；
- 法院判决生效且未附加限制出境的刑罚（如缓刑考验期已满、罚金已缴纳等）。
此时，您已无未了结的刑事诉讼程序，通常可正常申请护照。根据《中华人民共和国护照法》第五条，仅需满足“具有中华人民共和国国籍”“不具有法定不准出境情形”等基本条件即可。
案件未终结情形
若案件仍处于以下状态：
- 检察院审查起诉阶段（如案件被退回补充侦查后未重新移送）；
- 法院一审、二审或再审阶段；
- 判决生效但存在未履行的义务（如罚金未缴纳、缓刑考验期内等）。
此时，您可能因“正在接受司法调查”或“未履行生效法律文书义务”被限制出境，公安机关出入境管理部门将不予签发护照。
二、限制出境的法定情形
根据《中华人民共和国出境入境管理法》第十二条，中国公民有下列情形之一的，不准出境：
- 未了结的刑事案件：包括取保候审、监视居住等强制措施未解除，或案件在审查起诉、审判阶段未终结；
- 被判处刑罚尚未执行完毕：如罚金未缴纳、社区矫正未结束等；
- 国务院有关主管部门决定不准出境：如涉及国家安全、重大经济犯罪等特殊案件。
若您属于上述情形之一，即使案件已起诉两年未有进展，仍可能被限制出境，进而无法办理护照。
三、实务建议
- 查询案件状态
联系原办案机关（如公安局、检察院、法院）或委托律师查询案件进展，确认是否已终结或存在限制出境措施。
- 申请解除限制
若案件已终结但限制未解除，可向原办案机关申请出具《解除限制出境证明》，或通过行政复议、诉讼等途径主张权利。
- 办理护照前的准备
确认无限制后，携带身份证、户口本、照片等材料至户籍所在地出入境管理部门申请护照，并如实填写《中国公民出入境证件申请表》。
提示：若案件长期未进展，可能涉及程序违法（如超期羁押、久拖不决），您可依法向检察院申请立案监督或向法院提起申诉，维护自身合法权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询。