高标准农田被高速侵占后，补建需通过法律途径明确责任主体，并依据土地管理、农田保护相关法规要求责任方承担补建义务，具体流程如下：

1. 确认侵占行为的合法性
   首先需核查高速公路建设是否依法取得用地审批手续。根据《土地管理法》第四十四条，涉及永久基本农田的建设项目需经国务院批准，若未履行审批程序或超范围占用，则构成违法侵占。此时可向自然资源部门申请政府信息公开，调取涉案地块的征地批文、规划许可等文件，确认侵占行为的合法性。

2. 明确补建责任主体
   若侵占行为合法，根据《土地管理法实施条例》第二十二条，建设单位需按照“占补平衡”原则，在项目所在地县级行政区域内开垦与所占用耕地数量和质量相当的耕地。若无法自行开垦，应缴纳耕地开垦费，由地方政府组织补建。若侵占行为违法，则建设单位需直接承担补建责任，并可能面临行政处罚（《土地管理法》第七十七条）。

3. 启动补建程序

   • 协商阶段：向当地农业农村部门或自然资源部门提交书面申请，要求启动补建程序，并附上侵占证据（如测绘报告、现场照片）及补建方案（如选址、面积、质量标准）。
     
   • 行政督促：若协商无果，可依据《行政诉讼法》第十二条，以政府部门不履行法定职责为由提起行政诉讼，要求其责令建设单位补建或组织代履行。
     
   • 民事索赔：若因侵占导致农田收益损失，可依据《民法典》第一千一百六十五条，向建设单位主张赔偿，赔偿范围包括土地复垦费用、预期收益损失等。

4. 补建标准与验收
   补建需符合《高标准农田建设通则》（GB/T 30600-2022）要求，包括田块平整、土壤改良、灌溉排水、田间道路等设施。补建完成后，由农业农村部门会同自然资源部门组织验收，验收合格后方可交付使用。

注意事项：

• 补建过程中需保留所有书面文件（如申请书、政府回复、赔偿协议），作为后续维权证据。
  
• 若涉及集体土地，需经村民会议三分之二以上成员同意，并报乡镇政府批准。
  
• 补建期限一般不超过两年，逾期未完成的，可要求责任方支付违约金或继续履行。

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。