因工作人员失误造成税款流失5000元，需根据具体情况采取补救措施并承担相应责任，具体处理方式如下：

1. 立即补缴税款及滞纳金
   根据《税收征收管理法》第五十二条，因纳税人或扣缴义务人计算错误等失误导致未缴或少缴税款的，税务机关可在3年内追征税款及滞纳金。建议第一时间联系税务机关说明情况，主动补缴5000元税款及按日加收的滞纳金（滞纳金=欠缴税款×万分之五×滞纳天数），以降低行政处罚风险。

2. 区分责任主体与过错程度

   • 若为工作人员个人失误：用人单位可依据内部规章制度（如财务制度、岗位责任书）对工作人员追责，包括要求赔偿损失、纪律处分等。但需注意，用人单位不得以“罚款”名义克扣工资，只能通过合法途径主张赔偿（如通过劳动仲裁或诉讼）。
     
   • 若为单位管理漏洞导致：例如未建立复核机制、系统权限设置不当等，单位需承担主要责任，税务机关可能对单位处以罚款（《税收征收管理法》第六十三条），此时工作人员责任可能减轻。

3. 主动配合税务机关调查
   若税务机关已介入调查，应如实提供失误原因、补救措施等证据（如工作记录、系统操作日志、补缴凭证等），争取从轻处理。根据《行政处罚法》第三十二条，主动消除或减轻违法行为危害后果的，可减轻或免除处罚。

4. 防范刑事风险
   税款流失5000元未达《刑法》第二百零一条“逃税罪”的立案标准（通常为数额较大且占应纳税额10%以上），但若存在伪造、变造账簿等行为，可能涉嫌其他犯罪。需确保补缴税款后无其他隐瞒或虚假行为，避免风险升级。

后续建议：

• 单位应完善税务合规制度（如双人复核、系统权限分级），定期培训工作人员；
  
• 若涉及劳动纠纷（如单位要求赔偿），可进一步分析具体合同条款及过错比例，必要时通过法律途径解决。
  

如有其他细节需补充（如失误具体情形、单位性质等），可随时告知，我会进一步分析。