针对城市小区楼顶违法搭建与合法房屋相连且拆除存在安全隐患的情况，可按以下步骤处理：

1. 确认违法搭建性质与责任主体
   首先需通过规划部门、城管执法部门或物业确认搭建行为是否属于违法建设（如未取得建设工程规划许可证、超出审批范围等）。若确认违法，需明确搭建人（业主或使用人）的责任，同时核查物业是否存在监管失职（如未及时制止、上报）。

2. 评估安全隐患与拆除可行性

   • 专业机构鉴定：委托结构安全鉴定机构对违法搭建与合法房屋的连接部分、整体结构安全性进行评估，明确拆除是否会导致合法房屋承重受损、漏水、坍塌等风险。
     
   • 制定拆除方案：若鉴定显示拆除存在风险，需由具备资质的施工单位制定分步拆除方案（如先加固合法房屋结构、分段拆除违法部分），并报城管、住建部门备案。

3. 行政执法与强制拆除程序

   • 限期整改通知：城管部门向搭建人发出《责令限期拆除决定书》，要求其自行拆除；逾期未拆的，可启动强制拆除程序。
     
   • 公告与听证：强制拆除前需公告拆除决定，并告知搭建人陈述、申辩权利；若搭建人申请听证，需依法组织。
     
   • 实施拆除：由城管部门牵头，联合消防、公安等部门保障现场安全，施工单位按方案执行拆除，避免对合法房屋造成二次损害。

4. 合法房屋权益保护措施

   • 要求搭建人赔偿：若拆除导致合法房屋受损，业主可依据《民法典》第238条（物权保护）要求搭建人赔偿修复费用或贬值损失。
     
   • 物业连带责任：若物业未履行监管职责（如未巡查、未上报），业主可依据《物业管理条例》第35条要求物业承担部分赔偿责任。
     
   • 申请政府救助：若拆除导致合法房屋成为危房且搭建人无力赔偿，业主可向街道办、住建部门申请临时安置补助或危房改造支持。

5. 后续监管与预防机制

   • 物业加强巡查：要求物业定期上报楼顶等公共区域使用情况，对疑似违法搭建及时制止并上报。
     
   • 业主委员会监督：通过业主大会修订管理规约，明确禁止违法搭建，并授权业委会对违规行为提起民事诉讼。
     
   • 政府动态监管：利用卫星遥感、无人机巡查等技术手段，对小区违法建设进行常态化监测。

提示：若涉及复杂结构安全或赔偿纠纷，建议业主保留现场照片、鉴定报告等证据，并直接向我咨询具体维权策略。