针对您提出的“线上签订合同存在证书该怎么办”的问题，这确实是一个涉及电子合同法律效力及电子证照应用的复杂但重要的话题。以下是我为您提供的详细解答：

一、电子合同的法律效力

首先，需要明确的是，根据《中华人民共和国电子签名法》第三条的规定，民事活动中的合同或其他文件，当事人可以约定使用电子签名、数据电文。一旦约定使用，这些电子形式的文书不得仅因其采用电子形式而被否定法律效力。这意味着，线上签订的合同，只要符合相关法律规定，是具有与纸质合同同等法律效力的。

二、电子证照的法律地位

关于您提到的“证书”，在电子合同领域，这通常指的是电子证照。根据《国务院关于在线政务服务的若干规定》第十条，国家建立了电子证照共享服务系统，实现电子证照的跨地区、跨部门共享和全国范围内的互信互认。电子证照与纸质证照具有同等法律效力。这意味着，在签订线上合同时，如果涉及需要提交证照的情况，电子证照是可以被接受的。

三、具体应用场景与注意事项

1. 不动产权证书与登记证明：

   • 根据相关标准和技术规定，不动产权证书和不动产登记证明的电子形式与纸质形式具有同等法律效力。
   • 在进行不动产交易或登记时，如果合同中涉及这些证书，可以使用电子形式。

2. 税务完税证明：

   • 税务机关网上开具的税收完税证明与办税服务厅开具的一致，加印电子形式的业务专用章，具有同等法律效力。

3. 电子营业执照：

   • 电子营业执照是市场监管部门核发的载有市场主体登记信息的法律电子证件，与纸质营业执照具有同等法律效力。
   • 在进行商业活动或签订合同时，如果需要提交营业执照，电子营业执照是可以被接受的。

4. 其他电子证照：

   • 各地政府根据相关规定，可能还核发了其他类型的电子证照，如建设用地规划许可证、建设工程设计方案批复等。
   • 这些电子证照在各自的应用领域内，同样具有与纸质证照同等的法律效力。

四、风险防范与建议

1. 核实电子证照的真实性：

   • 在签订线上合同时，如果涉及电子证照，务必通过官方渠道核实其真实性。
   • 可以要求对方提供电子证照的验证方式或链接，以确保其有效性。

2. 仔细阅读合同条款：

   • 特别是关于争议解决方式的条款，如仲裁协议或诉讼管辖条款。
   • 确保自己理解并同意这些条款，避免在发生争议时陷入不利境地。

3. 保留相关证据：

   • 在签订线上合同时，保留好所有相关的电子证据，如聊天记录、邮件往来、电子合同文本等。
   • 这些证据在发生争议时可能起到关键作用。

4. 咨询专业人士：

   • 如果对电子合同或电子证照的法律效力有疑问，建议咨询法律专业人士或相关机构。
   • 他们可以提供更具体、更专业的建议和指导。

综上所述，线上签订合同存在证书时，只要这些证书是符合法律规定的电子证照，并且合同本身也符合相关法律规定，那么这样的合同是具有法律效力的。在签订和履行过程中，务必注意核实电子证照的真实性、仔细阅读合同条款、保留相关证据，并在必要时咨询专业人士。