结论：一个独立产权的商铺在符合相关规划和法律法规的前提下，可以改成两个小店，并且两家店可以合法各办理一个营业执照。

详细分析：

1. 商铺改造的合法性：

   • 规划许可：首先，商铺的改造需要符合当地的城乡规划和建设要求。如果改造涉及建筑结构的变动或用途的改变，可能需要向相关部门申请规划许可或建设许可。
   • 产权限制：独立产权的商铺意味着产权人拥有对该商铺的完整处分权，包括改造和使用。但改造时需确保不违反产权证书上的任何限制条件，如不得改变建筑结构、不得影响相邻权等。
   • 消防安全：改造过程中还需考虑消防安全因素，确保改造后的商铺符合消防安全标准，避免因此产生安全隐患。

2. 营业执照的办理：

   • 独立经营实体：改造后的两个小店如果各自具备独立的经营场所、经营项目和经营管理人员，可以视为两个独立的经营实体。
   • 营业执照申请：根据《中华人民共和国市场主体登记管理条例》等相关法律法规，每个独立的经营实体都需要向市场监管部门申请办理营业执照。因此，两个小店可以分别申请并获得各自的营业执照。
   • 合规经营：在办理营业执照时，需确保提供的资料真实、完整，并符合法律法规的要求。同时，两个小店在经营过程中也需遵守相关法律法规，如税务登记、环保要求等。

3. 实际操作建议：

   • 咨询相关部门：在改造前，建议先咨询当地的城乡规划部门、建设部门和市场监管部门，了解具体的改造要求和营业执照办理流程。
   • 签订租赁合同（如适用）：如果改造后的两个小店分别由不同的经营者承租，需签订详细的租赁合同，明确双方的权利和义务。
   • 保留相关证据：在改造和办理营业执照过程中，保留好所有相关的申请文件、审批文件、合同等证据，以备不时之需。

可能遇到的法律后果：

• 如果改造未经规划许可或建设许可，可能面临罚款、责令恢复原状等行政处罚。
• 如果改造后的商铺存在消防安全隐患，可能面临消防部门的处罚，甚至影响营业执照的办理。
• 如果两个小店在经营过程中存在违法行为，如偷税漏税、销售假冒伪劣产品等，将依法承担相应的法律责任。

总结与建议： 在将一个独立产权的商铺改成两个小店并分别办理营业执照的过程中，需确保改造的合法性和营业执照的合规性。建议提前咨询相关部门，了解具体的改造要求和营业执照办理流程，并保留好所有相关的证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。