结论：贷款公司担保逾期扣贷款公司一万保证金这一情况可能真实存在，但具体是否合法及能否扣款需依据合同约定及法律规定来判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、合同约定角度
保证金条款的存在：
- 在贷款公司与借款人签订的担保合同中，通常会包含保证金条款。这些条款可能规定，在借款人逾期未还款时，贷款公司有权从保证金中扣除相应金额以弥补损失。
- 若合同中明确约定了此类条款，且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，那么贷款公司扣款的行为在合同层面是合法的。
合同条款的合法性：
- 合同条款必须合法、合规，不得含有免除贷款公司责任、加重借款人责任或排除借款人主要权利的内容。
- 若保证金条款存在违法或显失公平的情况，如扣款金额远超过实际损失，那么该条款可能被认定为无效，贷款公司扣款的行为也可能因此不合法。
二、法律规定角度
担保法的相关规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》中关于担保的规定，担保合同是主债权债务合同的从合同。主债权债务合同无效的，担保合同无效，但是法律另有规定的除外。
- 若主债权债务合同无效，那么担保合同中的保证金条款也可能无效，贷款公司无权扣款。
保证金的处理原则：
- 保证金通常用于担保借款人履行还款义务。在借款人逾期未还款时，贷款公司有权按照合同约定处理保证金。
- 但贷款公司在处理保证金时，必须遵循合法、合理、公平的原则，不得滥用权利或损害借款人的合法权益。
三、实际操作角度
扣款前的通知义务：
- 贷款公司在扣款前，通常应当通知借款人，并说明扣款的原因、金额及依据。
- 若贷款公司未履行通知义务，直接扣款，可能构成违约或侵权，借款人有权要求贷款公司承担相应的法律责任。
扣款后的救济途径：
- 若借款人认为贷款公司的扣款行为不合法或不合理，可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式寻求救济。
- 在寻求救济时，借款人应提供充分的证据证明贷款公司的扣款行为存在违法或不合理之处。
四、具体案例分析（假设性）
- 假设案例一：贷款合同中明确约定了保证金条款，且该条款合法、合规。借款人逾期未还款，贷款公司按照合同约定从保证金中扣除了一万元。在此情况下，贷款公司的扣款行为是合法的。
- 假设案例二：贷款合同中虽然约定了保证金条款，但该条款存在违法或显失公平的情况。借款人逾期未还款，贷款公司仍然按照该条款从保证金中扣除了一万元。在此情况下，贷款公司的扣款行为可能是不合法的，借款人有权要求贷款公司返还多扣的款项。
建议：若您面临此类情况，请首先仔细审查贷款合同中的保证金条款，了解其具体内容及合法性。同时，保留好相关证据，如贷款合同、扣款通知等。如有需要，您可以随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。