针对您提出的“损毁三年的果树怎么赔偿”的问题，这确实是一个涉及法律责任和财产权保护的重要议题。以下是我为您详细梳理的解答：
一、赔偿的法律依据
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，侵害他人财产的，应当承担民事赔偿责任。果树作为财产的一种，其损毁自然也应按照法律规定进行赔偿。赔偿的原则是恢复原状或折价赔偿，即尽可能使受损方恢复到受损前的状态，或者通过金钱赔偿来弥补其损失。
二、赔偿金额的确定
对于损毁三年的果树，赔偿金额的确定需要综合考虑多个因素：
果树当前价值：
- 如果果树已经进入盛果期，其市场价值会相对较高。赔偿时应涵盖果树的市场价值，这可以通过参考同类果树的市场交易价格来确定。
- 同时，还需要考虑果树的剩余经济寿命内的预期收益。这包括果树在未来几年内可能产生的果实销售收益等。
前期投入成本：
- 果树从种植到成长为三年树龄，期间必然涉及幼苗购买成本、运输费、种植人工费等直接投入。这些成本也应纳入赔偿范围。
间接损失：
- 如果果树的损毁导致了间接损失，如错过销售季节、影响果园整体经营规划所产生的额外费用和收入减少等，这些损失也应由赔偿方承担。
三、赔偿方式的选择
双方协商：
- 这是最直接且首选的赔偿方式。双方可以友好沟通，就赔偿金额、支付方式等细节达成一致意见，并签订书面赔偿协议。
第三方评估：
- 如果双方对赔偿金额存在争议，可以共同委托专业农业评估机构对果树的损失进行评估。评估报告将作为赔偿的依据，确保赔偿的公正性和合理性。
诉讼途径：
- 如果协商和评估均无法解决纠纷，受损方可以向人民法院提起诉讼。法院将根据证据和法律规定进行判决，确定赔偿金额和支付方式。
四、实际操作建议
- 在处理此类纠纷时，建议受损方首先收集相关证据，如果树损毁的照片、视频、购买凭证、种植记录等，以证明其损失和投入。
- 同时，受损方可以咨询专业律师或农业评估机构的意见，以更准确地确定赔偿金额和选择合适的赔偿方式。
- 在签订赔偿协议时，务必明确赔偿内容、金额、支付方式、支付时间等条款，以确保双方的合法权益得到保障。
综上所述，损毁三年的果树的赔偿问题需要综合考虑果树当前价值、前期投入成本和间接损失等多个因素，并通过双方协商、第三方评估或诉讼途径等合适的方式来解决。希望这些解答能对您有所帮助。