核心结论：代持协议中约定股东显名时涉及的税费问题，主要取决于显名过程中股权转让的性质及当地税务政策，通常涉及个人所得税、印花税等，具体需结合实际情况分析。以下分情况详细说明：

1. 显名过程被认定为股权转让
   若税务机关认为代持还原（显名）属于股权转让行为（例如：代持人将股权“转让”给实际出资人），则需按股权转让缴纳税费：

   • 个人所得税：代持人作为名义股东，若取得股权转让收入（如实际出资人支付的对价），需按“财产转让所得”缴纳20%个人所得税，计税依据为转让收入减去股权原值及合理费用后的余额。
     
   • 印花税：双方需按“产权转移书据”缴纳0.05%的印花税，计税依据为合同所载金额。
     
   • 例外情形：若实际出资人未支付对价（即无偿显名），部分地区税务机关可能不认定为应税行为，但需提供充分证据证明无偿性质（如代持协议、出资凭证等）。

2. 显名过程被认定为股权归属确认
   若税务机关认为代持还原仅是股权归属的确认（即名义股东变更为实际股东，未发生实际股权转让），则可能无需缴纳所得税，但仍需缴纳印花税：

   • 印花税：需按“产权转移书据”缴纳0.05%的印花税，计税依据为股权的市场价值或合同金额（以较高者为准）。
     
   • 实务难点：此情形下税务机关可能要求提供代持协议、出资证明等材料，以证明显名行为非交易性质。

3. 代持协议中的税费约定效力

   • 内部约定效力：代持协议中双方可约定税费承担方（如约定由实际出资人承担），但该约定仅对双方具有约束力，不能对抗税务机关的法定征税权。
     
   • 税务合规风险：若实际承担方未依法纳税，税务机关仍可向法定纳税义务人（如代持人）追缴税款及滞纳金，名义股东承担后可依据协议向实际出资人追偿。

建议：

1. 显名前咨询当地税务机关，明确税务处理口径（部分地区对代持还原有专项政策）；
   
2. 在代持协议中明确税费承担条款，并预留税务合规资金；
   
3. 保留完整证据链（如代持协议、出资凭证、显名决议等），以应对潜在税务稽查。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。