驾驶危运车辆在限行时段内行驶的处罚措施，确实会因地区及具体情况的不同而有所差异。以下是我为您详细梳理的关于此类违法行为的处罚情况：

一、常见处罚方式

1. 罚款：

   • 根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，通常会被处以二十元以上二百元以下的罚款。但具体罚款数额会因地区差异而有所不同，有的城市可能初次违反限行规定就处以一定金额的罚款，而部分地区则可能罚款更高。

2. 扣分：

   • 对于限行时段违规行驶的行为，部分地方还会采取扣分的处罚措施。扣分的具体数值也会因地区规定而异，一般扣分为1分至3分不等。

3. 既罚款又扣分：

   • 在部分地区，对于限行时间段行驶的违法行为，会采取更为严格的处罚措施，即同时罚款与扣分。

二、按违法性质定性及处罚

1. “机动车违反禁令标志指示”：

   • 如果危运车辆在设置了禁止通行标志的限行区域道路行驶，将按此定性。通常会处以罚款并记分，罚款金额在二十元以上二百元以下，记分一般为1-3分。

2. “机动车未按规定在限制、禁止的区域或路段通行”：

   • 对于没有设置禁止通行标志的限行区域，如果危运车辆违规行驶，将按此定性。依据相关法律规定，这种情况通常会处以二十元以上二百元以下罚款，但不记分。

三、特定地区的限行处罚规定（以部分城市为例）

• 成都：驾驶证记1分、罚款100元。
• 深圳：限行时间内违反限行规定的车辆，将处以300元罚款并记1分。非深圳核发机动车号牌载客汽车前两次违反禁行规定不予处罚，自第三次起进行罚款处罚。
• 天津：对“闯限行”违法处以100元罚款；涉牌违法根据情节分别处以200元至5000元罚款并记12分，其中伪造、变造或使用伪造、变造号牌的还将处15日以下拘留。

四、其他注意事项

1. 外地车与本地车差异：

   • 部分城市对本地车和外地车的处罚标准可能不同，也可能对外地车有一定的“容错期”，如初次违反不处罚，仅给予警告等。

2. 特殊时期限行：

   • 在重污染天气等特殊时期，实施的临时限行措施及其处罚规定也可能有所变化。因此，驾驶人需密切关注当地交通管理部门的通知和公告。

3. 连续处罚：

   • 如果危运车辆在限行日多次开车进入限行区域，可能会面临连续处罚的风险。因此，驾驶人应严格遵守限行规定，避免不必要的法律后果。

综上所述，驾驶危运车辆在限行时段内行驶的处罚措施具有显著的地域性和差异性。为了确保自身合法权益不受损害，驾驶人在行驶前应仔细了解当地的限行规定，并严格遵守。如有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询当地交通管理部门或相关法律机构。