国有企业收费损害市场主体合法权益，主要违反了《中华人民共和国反垄断法》以及《中华人民共和国价格法》的相关规定。以下是对此问题的详细分析：
违反《中华人民共和国反垄断法》的情况：
- 滥用市场支配地位：如果国有企业在相关市场中具有市场支配地位，并且其收费行为构成了滥用这种地位，如无正当理由搭售商品、在交易时附加不合理的交易条件、对条件相同的交易相对人在交易价格等交易条件上实行差别待遇等，那么这种行为就违反了《反垄断法》第十七条的规定。
- 行政垄断：如果国有企业的收费行为是依据行政机关和法律、法规授权的具有管理公共事务职能的组织滥用行政权力，强制或者变相强制市场主体接受其收费服务，或者限定市场主体只能接受其指定的经营者提供的收费服务，那么这种行为就构成了行政垄断，违反了《反垄断法》第三十二条至第三十七条的规定。
违反《中华人民共和国价格法》的情况：
- 不正当价格行为：如果国有企业的收费行为违反了价格法中关于经营者定价的基本原则，如相互串通，操纵市场价格，损害其他经营者或者消费者的合法权益；或者利用虚假的或者使人误解的价格手段，诱骗消费者或者其他经营者与其进行交易等，那么这种行为就违反了《价格法》第十四条的规定。
- 政府定价或政府指导价违规：如果国有企业的收费项目属于政府定价或政府指导价的范围，但其未按照政府定价或政府指导价进行收费，而是擅自提高收费标准或者扩大收费范围，那么这种行为就违反了《价格法》第十二条和第二十条的规定。
法律后果与建议：
- 对于违反《反垄断法》的行为，市场主体可以向反垄断执法机构举报，反垄断执法机构将依法进行调查，并可能对违法企业处以罚款、没收违法所得等行政处罚。同时，受损害的市场主体还可以依据《反垄断法》第五十条的规定，向人民法院提起民事诉讼，要求违法企业承担民事赔偿责任。
- 对于违反《价格法》的行为，价格主管部门将依法进行查处，并可能对违法企业处以罚款、没收违法所得、责令停业整顿等行政处罚。受损害的市场主体同样可以向人民法院提起民事诉讼，要求违法企业承担民事赔偿责任。
建议：如果市场主体认为国有企业的收费行为损害了其合法权益，应当及时收集相关证据，并向反垄断执法机构或价格主管部门举报。同时，也可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益，如向人民法院提起民事诉讼。在处理此类问题时，建议咨询专业律师，以便更准确地把握法律条款和诉讼策略。
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