结论概述：公司被员工申请劳动仲裁，可能会面临支付赔偿金、恢复劳动关系、声誉受损以及需要投入时间和精力应对仲裁程序等后果。企业最怕员工主张的赔偿通常包括未签劳动合同的双倍工资差额、违法解除劳动合同的赔偿金、加班费及未休年休假工资等。

详细分析：

1. 公司被员工申请劳动仲裁的后果：

   • 支付赔偿金：如果仲裁裁决公司存在违法行为，如未按时支付工资、未依法缴纳社会保险等，公司可能需要支付相应的赔偿金或补缴社会保险费用。
   • 恢复劳动关系：若员工主张被违法解除劳动合同，且仲裁裁决支持其主张，公司可能需要恢复与员工的劳动关系，这可能涉及重新安排工作岗位、支付停工期间的工资等。
   • 声誉受损：劳动仲裁案件往往涉及公司的劳动管理问题，一旦公开，可能对公司的声誉造成负面影响，影响公司形象及未来招聘。
   • 时间和精力投入：应对劳动仲裁需要公司投入大量时间和精力，包括准备证据材料、参加仲裁庭审等，这可能影响公司的正常运营。

2. 企业最怕员工主张的赔偿：

   • 未签劳动合同的双倍工资差额：根据《劳动合同法》的规定，用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。这是企业容易忽视且可能面临较大经济赔偿的风险点。
   • 违法解除劳动合同的赔偿金：如果公司违法解除劳动合同，如无正当理由辞退员工，员工有权要求公司支付赔偿金，赔偿金的标准通常为经济补偿金的两倍。
   • 加班费及未休年休假工资：员工有权要求公司支付加班费及未休年休假的工资报酬。如果公司未依法支付，员工可以通过劳动仲裁主张权益，这同样可能给公司带来经济压力。

法律建议：

• 加强劳动管理：公司应建立健全的劳动管理制度，确保与员工签订书面劳动合同，依法缴纳社会保险，按时支付工资，合理安排员工的工作时间和休息休假。
• 积极应对仲裁：如果公司被员工申请劳动仲裁，应积极应对，准备充分的证据材料，参加仲裁庭审，维护公司的合法权益。
• 寻求专业帮助：在处理劳动仲裁案件时，公司可以寻求专业律师的帮助，以确保应对策略的合法性和有效性。

后续行动建议：

• 审查劳动合同：公司应定期审查与员工签订的劳动合同，确保合同内容合法、有效，避免潜在的法律风险。
• 加强员工培训：通过培训提高员工对劳动法律法规的认识，减少因不了解法律而引发的劳动纠纷。
• 建立沟通机制：建立与员工之间的良好沟通机制，及时了解员工的需求和意见，预防劳动纠纷的发生。

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