结论：在二审判决下来后才发现判还的钱超过了三年的诉讼期，是可以提出再审申请的，但能否成功启动再审程序，还需根据具体情况及法院的审查结果来确定。
分析说明：
诉讼时效的基本规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。这意味着，如果债权人在三年内未向法院提起诉讼或申请仲裁，且没有诉讼时效中断、中止等法定情形，那么其债权可能因超过诉讼时效而不再受法律保护。
再审申请的提出：
- 再审程序是针对已经发生法律效力的判决、裁定、调解书，认为有错误而提出的救济程序。在本案中，如果二审判决已经生效，且债权人发现判还的钱超过了三年的诉讼期，这可能构成再审申请的一个理由，即原判决可能因违反法定程序或适用法律错误而需要被纠正。
再审申请的理由与审查：
- 债权人提出再审申请时，需要明确指出原判决存在的错误，如诉讼时效问题、事实认定错误、法律适用错误等。法院在收到再审申请后，会进行审查，判断是否符合再审的条件。如果法院认为再审申请有理由，会裁定再审；否则，会裁定驳回再审申请。
诉讼时效抗辩的提出时机：
- 值得注意的是，诉讼时效抗辩通常应当在一审期间提出。如果在一审期间未提出，而在二审或再审期间提出，法院可能不会支持。但是，如果债权人能够证明在一审期间因客观原因无法提出诉讼时效抗辩，或者法院在一审期间未依法告知债权人诉讼时效的相关规定，那么在二审或再审期间提出诉讼时效抗辩可能仍有被采纳的可能。不过，这需要根据具体案情和法院的审查结果来确定。
行动建议：
- 及时提出再审申请：如果债权人认为二审判决存在错误，且符合再审的条件，应当及时向法院提出再审申请，并附上相关证据和理由。
- 咨询专业律师：在提出再审申请前，建议债权人咨询专业律师，了解再审程序的具体规定和要求，以及如何准备再审申请材料和证据。
- 关注法院审查结果：提出再审申请后，债权人需要关注法院的审查结果。如果法院裁定再审，债权人需要积极参与再审程序，维护自己的合法权益；如果法院裁定驳回再审申请，债权人可以考虑其他救济途径，如申请抗诉或申诉等。
法律后果：
- 如果再审申请被法院裁定再审，且最终再审判决支持了债权人的请求，那么债权人将有机会获得应有的赔偿或补偿。
- 如果再审申请被法院裁定驳回，或者再审判决未支持债权人的请求，那么债权人可能需要接受原判决的结果，并考虑其他合法的救济途径。
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