医疗机构对收回扣的惩罚通常包括行政处罚、内部纪律处分，以及可能涉及的刑事责任，具体取决于回扣行为的性质和严重程度。以下是对这些惩罚措施的详细分析：
行政处罚：
- 根据《中华人民共和国药品管理法》及相关规定，医疗机构或其工作人员在药品购销中收受回扣，可能面临药品监督管理部门的行政处罚。这些处罚可能包括警告、罚款、没收违法所得、责令停业整顿，甚至吊销《药品经营许可证》或《医疗机构制剂许可证》等。
- 例如，如果医疗机构因收受回扣被认定为违反了药品购销的公平竞争原则，药品监督管理部门可能会对其处以罚款，并责令其改正违法行为。
内部纪律处分：
- 医疗机构通常会有自己的内部规章制度，对工作人员的行为进行规范。对于收受回扣的工作人员，医疗机构可能会根据内部规定给予纪律处分，如警告、记过、降级、撤职、开除等。
- 这些处分旨在维护医疗机构的声誉和内部秩序，确保工作人员遵守职业道德和法律法规。
刑事责任：
- 如果收受回扣的行为构成犯罪，如非国家工作人员受贿罪或受贿罪（如果涉及国家工作人员），那么相关责任人将面临刑事追究。
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，非国家工作人员受贿罪可处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金或者没收财产。对于国家工作人员受贿罪，处罚则更为严厉。
额外建议：
- 加强内部管理：医疗机构应建立健全内部管理制度，加强对工作人员的教育和培训，提高他们的法律意识和职业道德水平，从源头上预防收受回扣等违法行为的发生。
- 积极配合调查：如果医疗机构或其工作人员涉嫌收受回扣，应积极配合相关部门的调查工作，如实提供情况，争取从轻或减轻处罚。
- 寻求法律帮助：如果面临行政处罚或刑事追究，医疗机构或其工作人员应及时寻求法律帮助，了解自己的权利和义务，依法维护自己的合法权益。
可能面临的法律后果：
- 除了上述行政处罚、内部纪律处分和刑事责任外，医疗机构还可能因收受回扣行为而面临声誉损失、患者信任度下降等间接后果。这些后果可能对医疗机构的长期发展产生不利影响。
如果您或您所在的医疗机构面临类似问题，或者有任何关于医疗医患（事故责任及赔偿）方面的疑问，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。