结论：不予起诉的情况下，公安机关通常不会留下案底，但具体还需根据不予起诉的类型和案件情况来判断。
分析说明：
不予起诉的类型：
- 法定不起诉：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条的规定，有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：（一）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；（二）犯罪已过追诉时效期限的；（三）经特赦令免除刑罚的；（四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；（六）其他法律规定免予追究刑事责任的。这种情况下，由于行为本身不构成犯罪或不应追究刑事责任，因此不会留下案底。
- 酌定不起诉：即检察院认为犯罪嫌疑人的犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，可以作出不起诉决定。这种情况下，虽然犯罪嫌疑人涉嫌犯罪，但由于情节轻微，检察院决定不起诉，因此通常也不会留下案底。但需要注意的是，如果犯罪嫌疑人之前有犯罪记录，或者案件涉及特定情形（如危害国家安全、恐怖活动等），即使酌定不起诉，也可能在公安机关或检察机关的内部记录中有所体现，但这并不等同于传统意义上的“案底”。
- 证据不足不起诉：即对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。这种情况下，由于证据不足，无法证明犯罪嫌疑人有罪，因此也不会留下案底。但同样需要注意的是，如果后续有新证据出现，且能够证明犯罪嫌疑人有罪，那么案件可能会重新启动，此时可能会留下案底。
案底的定义与影响：
- 案底定义：案底通常指的是犯罪记录，即某人因犯罪被法院判决有罪后留下的记录。这种记录会保存在公安机关、检察机关或法院的档案中，并可能对个人的社会生活、职业发展等产生一定影响。
- 不予起诉与案底的关系：由于不予起诉意味着案件未进入审判阶段或审判阶段未作出有罪判决，因此通常不会留下传统意义上的案底。但如前所述，某些特定情况下（如酌定不起诉中的特定情形或证据不足不起诉后新证据出现），可能会在公安机关或检察机关的内部记录中有所体现。
特殊场景：
- 如果不予起诉后，犯罪嫌疑人再次涉嫌犯罪，公安机关或检察机关在调查过程中可能会查阅之前的案件记录，包括不予起诉的决定和理由。但这并不等同于案底对个人的直接影响，而是作为调查过程中的参考信息。
行动建议：
- 如果您或您身边的人遇到了不予起诉的情况，且担心是否会留下案底，建议咨询专业律师以获取更具体的法律意见。律师可以根据案件的具体情况和不予起诉的类型，为您提供更准确的解答和建议。
- 同时，无论是否留下案底，都应遵守法律法规，避免再次涉嫌犯罪或违法行为，以维护个人的良好记录和社会形象。
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