结论：未经直管部门同意，下属子公司发文转正员工是否有效，需根据子公司是否具有独立法人资格、转正文件是否符合法律规定及公司章程、劳动合同的具体约定等多方面因素综合判断。以下从不同角度进行分析：

一、子公司独立法人资格的影响

1. 子公司具有独立法人资格：

   • 若子公司是依法设立并具有独立法人资格的企业，那么它有权在法律规定的范围内自主决定员工的录用、转正等人事管理事项。
   • 在这种情况下，即使直管部门未同意，子公司发文转正员工的行为，只要符合法律规定和公司章程，以及劳动合同的约定，通常是有效的。

2. 子公司不具有独立法人资格：

   • 若子公司不具有独立法人资格，而是作为母公司的一个分支机构或部门存在，那么其人事管理权限可能受到母公司的严格限制。
   • 在这种情况下，未经直管部门（即母公司或相关管理部门）同意，子公司发文转正员工的行为可能因越权而无效。

二、转正文件是否符合法律规定及公司章程

• 无论子公司是否具有独立法人资格，其发文转正员工的行为都必须符合法律规定和公司章程。
• 法律规定方面，主要涉及劳动合同法、公司法等相关法律法规，要求转正程序合法、合规，不得侵犯员工的合法权益。
• 公司章程方面，则要求转正行为符合公司内部的规章制度和管理流程。

三、劳动合同的具体约定

• 劳动合同是员工与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。
• 如果劳动合同中明确规定了转正的条件、程序等事项，那么子公司发文转正员工的行为必须严格遵守这些约定。
• 未经直管部门同意，但符合劳动合同约定的转正行为，通常是有效的；反之，则可能因违反合同约定而无效。

四、实际操作中的建议

1. 对于子公司：

   • 在发文转正员工前，应仔细审查公司章程、劳动合同以及相关法律法规，确保转正行为的合法性和合规性。
   • 如果子公司具有独立法人资格，但直管部门对转正事项有特别要求或限制，应及时与直管部门沟通并取得同意。

2. 对于员工：

   • 在接到转正通知后，应仔细审查通知内容是否符合法律规定、公司章程以及劳动合同的约定。
   • 如果对转正通知有疑问或异议，应及时与子公司或直管部门沟通并寻求解决方案。

3. 对于直管部门：

   • 应加强对子公司人事管理权限的监督和指导，确保子公司的人事管理行为符合法律法规和公司章程的要求。
   • 如果发现子公司存在违规转正员工的行为，应及时予以纠正并依法追究相关责任人的责任。

进一步思考：在实际操作中，劳动纠纷往往涉及复杂的法律关系和事实认定。因此，在处理类似问题时，建议各方保持冷静、理性沟通，并尽可能收集、保留相关证据材料以支持自己的主张。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。