工伤赔偿与第三方赔偿（即您所说的“三者赔偿”）在法律上并不冲突，但存在赔偿项目上的竞合补差原则，特别是医疗费用不可重复获赔。以下从多个角度为您详细分析：
一、法律性质与依据
工伤赔偿：
- 性质：基于劳动关系，是社会保障制度的一部分。
- 依据：《中华人民共和国社会保险法》第四十二条、《最高人民法院关于审理工伤保险行政案件若干问题的规定》第八条等。
- 内容：涵盖医疗费用、康复费、伙食补助、交通食宿费、护理费、工伤医疗期内工资、伤残津贴等。
第三方赔偿：
- 性质：基于侵权责任，即因第三方的侵权行为导致劳动者受伤，第三方应承担的赔偿责任。
- 依据：《中华人民共和国民法典》等。
- 内容：包括治疗康复费用、误工减少的收入、残疾辅助器具费、残疾赔偿金、丧葬费和死亡赔偿金等。
二、赔偿项目与原则
医疗费用：
- 原则：不重复赔偿。若第三方已足额支付医疗费用，工伤保险基金不再支付；若未支付或无法确定第三方，由工伤保险基金先行支付后追偿。
- 理由：医疗费用是实际发生的费用，不应因同一伤害事件而获得双重赔偿。
其他赔偿项目：
- 原则：可分别按工伤赔偿标准和民事侵权赔偿标准获得，不存在抵扣问题。例如，伤残赔偿金、停工留薪期工资（误工费）等，劳动者可同时享受工伤保险待遇和向第三方主张民事赔偿。
- 理由：工伤赔偿和第三方赔偿在法律性质上不同，分别基于劳动关系和侵权责任，因此其他赔偿项目可以并行不悖。
三、实际操作中的建议
及时收集证据：
- 包括事故责任认定书、医疗票据、劳动关系证明等，以证明工伤事实和第三方侵权责任。
了解赔偿流程：
- 在处理工伤赔偿时，应先向社会保险行政部门申请工伤认定，然后按照工伤保险待遇的流程进行申请和领取。
- 在处理第三方赔偿时，可以通过与第三方协商、调解或诉讼等方式来主张自己的权益。
注意赔偿顺序：
- 在实际操作中，建议先向第三方主张赔偿，特别是医疗费用部分，以避免工伤保险基金支付后追偿的麻烦。
- 若第三方无法确定或无力支付，再向工伤保险基金申请先行支付。
四、典型案例参考
以吴江市佳帆纺织有限公司诉周某坤工伤保险待遇纠纷案为例，法院支持劳动者在停工留薪期间享受原工资福利待遇的同时，有权向侵权人主张误工费赔偿。这体现了工伤赔偿与第三方赔偿并行不悖的原则，同时强调了医疗费用不重复获赔的实践操作。
五、可能遇到的法律后果
若未及时申请工伤认定：
- 可能导致无法享受工伤保险待遇，影响劳动者的合法权益。
若未向第三方主张赔偿：
- 可能错过获得民事赔偿的机会，特别是当第三方有赔偿能力时。
若重复主张医疗费用：
- 可能被要求退还重复获赔的部分，甚至可能面临法律责任。
综上所述，工伤赔偿与第三方赔偿在法律层面明确区分且互不冲突，但需注意赔偿项目上的竞合补差原则。劳动者在遭遇工伤且涉及第三方侵权时，应充分了解自身权益，合理主张赔偿，确保合法权益得到充分保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。