结论：绿灯时车辆已经过了停止线，随后变为红灯并停车等待，不算闯红灯。

详细分析：

1. 闯红灯的认定标准：

   • 闯红灯的判定通常需要依据电子眼抓拍的照片来确定，这些照片需要清晰地展示车辆在不同位置的情况，具体包括：车辆驶过停止线、车辆到达路中间、以及车辆到达对面路口。只有当这三张照片都齐全，并且显示车辆在红灯亮起后越过停止线，才会被认定为闯红灯。

2. 法规依据与实际情况分析：

   • 根据《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》的相关规定，机动车在绿灯亮时准许通行，红灯亮时则禁止车辆通行。因此，当车辆在绿灯时已经通过了停止线，即使在后续的行驶过程中信号灯变为了红灯，按照法规规定，该车辆在红灯亮起时已经处于路口内，有权继续通行至对面路口或选择安全位置停车等待，这一行为并不构成闯红灯。
   • 在您描述的情况下，车辆在绿灯时已经过了停止线，随后变为红灯并停车等待，这意味着车辆并未在红灯亮起后继续行驶通过路口，因此不满足闯红灯的认定条件。

3. 实际操作中的差异与处理建议：

   • 虽然上述规定明确了闯红灯的判定标准，但各地交通管理部门在实际操作和认定上可能会存在一定的差异。不过，在大多数情况下，只要车辆在绿灯时已经通过了停止线，后续即使变为红灯并停车等待，通常不会被认定为闯红灯。
   • 如果驾驶人对相关交通违法判定存在异议，可以通过申请行政复议等途径来进行申诉，以维护自己的合法权益。

4. 行车安全提示：

   • 尽管在这种情况下停车等待不算闯红灯，但驾驶人在通过路口时仍应减速慢行，严格遵守交通规则，礼让行人，以确保行车安全，避免发生交通事故。特别是在绿灯即将结束或已经变为红灯时，驾驶人应更加谨慎，避免因为急于通过路口而引发危险。

总结：绿灯时车辆已经过了停止线，随后变为红灯并停车等待，这一行为通常不被认定为闯红灯。然而，驾驶人在通过路口时仍需保持警惕，遵守交通规则，确保行车安全。如果您在驾驶过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。